Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

Откройте страницу оглавления KEGG. Найдите ссылку на базу данных химических соединений (KEGG LIGAND). Проведите поиск по названиям веществ. Напоминание: поиск надо проводить по английским названиям!


• названиe:Пируват (pyruvate )
• идентификатор: C00022
• структурная формула вещества:
  
• название:Cерин(serine)
• идентификатор:C00065
• структурная формула вещества:
  



Поиск метаболического пути.

Вернитесь на страницу оглавления KEGG и пройдите по ссылке для раскрашивания объектов на метаболических картах (Color objects in pathways). В поле запроса введите найденные идентификаторы соединений. Укажите, что хотите раскрасить субстрат красным, а продукт - зеленым. Образцы текста для раскрашивания объектов заданными цветами приведены справа от поля запроса.
Если Вы нашли подходящую цепочку реакций - раскрасьте участвующие в ней ферменты желтым (см. образец справа от формы запроса). При этом должна остаться раскраска субстрата и продукта.


• Текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов.<\b>
C00022 red
C00065 green
4.3.1.17
4.3.1.19


Default bgcolor: yellow
• название карты пути, где была обнаружена цепочка реакций для превращения субстрата в продукт.<\b> ko00260 Glycine, serine and threonine metabolism
• Картинку (часть рисунка, а не вся карта) с раскраской<\b>




Описание последовательности реакций.

Опишите выбранную Вами последовательность реакций. Число этапов превращения субстрата в продукт- 1 Затем переведите карту в режим "Reference pathway (Reaction)" и опишите каждый этап в таблице, образец которой приводится ниже. Если общее число этапов больше трех, можете ограничиться первыми тремя.

Таблица 1. Возможных путь превращения по данным метаболической карты .



Этап	Ферментативная реакция	EC number	R number
1	L-Serine <=> Pyruvate+NH3	EC 4.3.1.17 EC 4.3.1.19	R00220





Исследование метаболического пути в других организмах

Определите, возможна ли выбранная цепочка реакций в других организмах, перечисленных в таблице ниже. Для этого переведите карту в режим, соответствующий выбранному организму.

Таблица 2. Возможность пути превращения Пирувата в Серин в различных организмах с известными полными геномами.



Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Haemophilus influenzae Rd KW20	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Methanococcus janaschii	нет	нет ферментов, необходимых для осуществления цепочки реакции
Arabidopsis thaliana	да	Есть фермент,отвечающий за проведение реакции
Homo sapiens	нет	Есть фермент,обеспецивающий протекание реакции ,только в обратном направлении.