Множественное выравнивание.

Результаты упражнений

1. Выбранные гомологичные последовательности

2. Выравнивание с помощью программы emma

3. Выравнивание с помощью программы muscle

4. Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью программы GeneDoc

5. Сравнение 2-х множественных выравниваний

6. Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей PYRD_BUCAP и PYRD_ANADF с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием

   Команда infoalign

   Выходной файл программы

   В качестве входных данных подается файл с множественным выравниванием. Программа infoalign количественные характеристики для каждой последовательности из множественного выравнивания. Причем сравнивает каждую выровненную с заданной (по умолчанию,обладающей самыми средними характеристиками.)

   Cравнение проводиться по таким параметрам как:
   -длина последовательности
   -длина выровненной последовательности
   -количество гэпов
   -количество идентичных и схожих колонок.
   -вес
   Главная страница Первый семестр Второй семестр

   ---

   ©Петрова Светлана,2007