Особенности аминокислотного состава белка COPZ_Bacsu

Последовательность белка COPZ_Bascu в формате FASTA

Длина последовательности - 69 а.о.

(Подробности смотри на странице protein_seq )


Молекулярная масса белка COPZ_Bacsu: 7322 а.е.м.

( Подробности смотри на странице aa_mass )


Аминокислотный состав белка COPZ_Bacsu:

A	10%
C	3%
D	12%
E	9%
F	1%
G	7%
H	3%
I	3%
K	9%
L	4%
M	3%
N	1%
P	0%
Q	6%
R	0%
S	7%
T	3%
V	17%
W	0%
Y	1%

Самые частые аминокислотные остатки: Валин(V) - 17% Аспарагиновая кислота(D) -12% Аланин(A) - 10%

Самые редкие аминокислотные остатки: Пролин (P) - не встречается Аргинин(R) - не встречается Триптофан(W) - не встречается

( Подробности смотри на странице aa_frequencies )


























Средний электрический заряд молекулы: -7

( Подробности смотри на странице Charge )


Сравнение со средним аминокислотным составом протеомных белков Bacillus subtilis, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии

Вывод:
	Белок COPZ_Bacsu может являться как мембранным так и не мембранным, потому что в его составе больше 40% аминокислотных остатков, не проявляющих постоянных гидрофобных или гидрофильных свойств. ( Подробности смотри на странице HPhob_comparison )
Предположения:
	Ввиду этого можно предположить, что он является транспортным белком. Учитывая отрицательный заряд также можно предположить, что транспортируется какие-то положительно заряженные частицы. С учетом малого размера самого белка частицы так же должны быть небольшими. Возможно это ионы металлов. С учетом названия белка (copper insertion chaperone and transporter component) предположение выглядит вполне правдоподобным, а транспотрироваться должны ионы меди.




Дополнительные исследования

А) Исследование участков гидрофобности/гидрофильности белка COPZ Если исходить из предположения, что белок транспортный и работает в цитоплазме, то, ввиду предоставленных данных, активный центр должен находиться где-то среди первых 30-35 аминокислотных остатков и транспортируются гидрофобные вещества, тогда как аминокислоты с 30-35 по 69 находятся на поверхности белка. Если это транспортный белок мембран, то, видимо, ситуация обратна, а транспортироваться должны какие-то гидрофильные частицы. Оба варианта равносильны, так как количество гидрофобных и гидрофильных а.о. фактически равное. Однако, если опираться на предположения, сделанные в предыдущем пункте, то это должен быть транспортный белок мембраны, так как ионы металлов гидрофильны. (Подробности смотри на странице HPhob_profile ) Б) Анализ длины белков Bacillus subtilis Белок COPZ является одним из самых маленьких белков. Белков подобного размера всего 13% от общего количества (565/4178). Молекулярная масса белка так же незначительна (7322 а.е.м.) в то время как минимальной молекулярной массой белка считается 6000 а.е.м, а варьироваться она может в пределах до 100000 и более. Такие небольшие размеры белка также подтверждают идею о том, что это белок-переносчик. Помимо белков-переносчиков подобными малыми размерами могут обладать разве что только регуляторные белки. (Подробности смотри на странице prot_length )