Изображение области связывания лиганда SM3 с белком beta-lactamase precursor (предшественником бета-лактамазы)

Синим цветом выделена цепь B белка. AMPC SM3 - лиганд. По системе cpk окрашены все аминокислоты цепи B, входящие в радиус 4.0А вокруг лиганда (они еще и подписаны). Вот скрипт, благодаря которому получено данное изображение. С помощью изображения можно составить план генно-инженерного эксперимента.

Скрипт, с помощью которого получено изображение: restrict [sm3]b cpk 50 select 964b and *.B label AMPC SM3 center 964b and *.B background white select *B backbone 20 color blue select within (4.0, [SM3]b) color cpk wireframe 20 select leu293:b color cpk wireframe 20 select leu293:b.CA label %n%r select gly317:b color cpk wireframe 20 select gly317:b.CA label %n%r select ala318:b color cpk wireframe 20 select ala318:b.CA label %n%r select asn152:b color cpk wireframe 20 select asn152:b.CA label %n%r select tyr221:b color cpk wireframe 20 select tyr221:b.CA label %n%r select lys67:b color cpk wireframe 20 select lys67:b.CA label %n%r select tyr150:b color cpk wireframe 20 select tyr150:b.CA label %n%r select gly320:b color cpk wireframe 20 select gly320:b.CA label %n%r select thr319:b color cpk wireframe 20 select thr319:b.CA label %n%r select leu119:b color cpk wireframe 20 select leu119:b.CA label %n%r select ser64:b color cpk wireframe 20 select ser64:b.CA label %n%r select gln120:b color cpk wireframe 20 select gln120:b.CA label %n%r select within (7.0, [SM3]b) hbond select gly63b wireframe 20 select leu62b wireframe 20 select val65b wireframe 20

Генно-инженерный эксперимент

   Если мы заменим аминокислоту ser64:b на каку-либо другую, в которой не будет атома OG 3295, то ковалентная связь между этим атомом и атомом B 5662 из комплекса SM3 не будет образовываться, что приведет к потери связи комплекса SM3 с цепочкой B.
   Список аминокислот, контактирующих с SM3: leu293:b, gly317:b, ala318:b, asn152:b, tyr221:b, lys67:b, tyr150:b, gly320:b, thr319:b, leu119:b, ser64:b;A.
   Если мы заменим аминокислоту ser64:b на какую-либо другую, в которой не будет атома OG 3295, то ковалентная связь между этим атомом и атомом B 5662 из комплекса SM3 не образуется, что приведет к потери связи комплекса SM3 с цепочкой B.
   Точнее если мы заменим гидрофильные а.о. на гидрофобные, то скорее всего не будет гидрофобного взаимодействия, однако могут быть атомы, обладающие гидрофобными свойствами в гидрофильной а.о., поэтому точно сказать нельзя.
   Водородная связь образуется между атомами SM3964B.OA (5659) и ASN152B.ND (3984), между SM3964B.OA (5663) и ALA318B.N (5272). Замена ASN152 на GLN не приведет к изменению химических взаимодействий, остается надеятся, что лишний атом углерода в аминокислоте GLN не повлияет на конфигурацию белка.
   Аналогично, если мы заменим ALA318 на GLY, то химических последствий не будет, но возможно изменение конфигурации белка, т.к. в аминокислоте ALA на один больше атомов углерода, чем в GLY.