Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~phoenix/term4/practice2d.html
Дата изменения: Mon Apr 2 17:15:09 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:15:45 2012
Кодировка: Windows-1251
Протокол дополнительных заданий

Построение филогенетических деревьев.
Дополнительные задания.

Четвертый семестр На главную
Филогенетические деревья Филогенетические деревья. Дополнительные задания.

Алгоритм Jackknife

Этот алгоритм генерирует реплики с множественного выравнивания.
Jackknife 
                       +------MutF
                +100.0-|
         +100.0-|      +------MutE
         |      |
  +------|      +-------------MutD
  |      |
  |      |             +------MutA
  |      +-------100.0-|
  |                    +------MutB
  |
  +---------------------------MutC

Bootstrap 
                +-------------MutD
         +-99.0-|
         |      |      +------MutF
         |      +-97.0-|
  +------|             +------MutE
  |      |
  |      |             +------MutB
  |      +--------94.0-|
  |                    +------MutA
  |
  +---------------------------MutC

Как видно, деревья получились абсолютно идентичные. Веса ветвей очень большие, поэтому вряд ли различия в алгоритмах способны будут настолько изменить вес, чтобы не учитывать какие-либо ветви.

Программа fretree

Программа использует на вход скобочную формулу, полученную алгоритмом Neighbor-joining:

(MutB:0.72517,(MutC:0.83352,(MutD:0.33038,(MutE:0.33054, MutF:0.32721):0.13502):0.44364):0.14997,MutA:0.66087);

Команда: fretree 10 mtnj.txt
В первой опции была выбрана M, чтобы получить укорененное дерево в средней точке.
Затем - X, чтобы выйти из программы.
На выходе программа спросит сохранять ли файл (y), и какое дерево сохранять, укорененное или нет (R).

В результате была получена следующая скобочная формула:

((A:85.0,B:85.0):20.0,(((E:43.0,F:43.0):17.0,D:50.0):45.0,C:95.0):0.0);

Программа fdrawgram

Для получения дерева в виде филограммы надо запустить программу fdrawgram с параметром -style p.

Восстановление предковой последовательности программой fdnamlk

Для восстановления предкового дерева методом максимального правдоподобия использовалась программа fdnamlk с параметрами -ttratio 1 (отношение частот транзиций/трансверсий) и -hypstate y (подтверждение создания предковых последовательностей).
Было построено дерево: 
        +------------------------------MutA      
  +-----2  
  !     +------------------------------MutB      
  !  
--1                      +--------------MutE      
  !                   +--5  
  !  +----------------4  +--------------MutF      
  !  !                !  
  +--3                +-----------------MutD      
     !  
     +----------------------------------MutC

Затем было построено выравнивание предковой последовательности и исходной с помощью программы GeneDoc.
Незначительные точечные мутации указывают на относительную точность алгоритма.
Разбиение ветвей полученного дерева совпадает с разбиением ветвей исходного.
©Виктор Соколов