Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~pavel_s/term3/task7.html
Дата изменения: Wed Nov 15 01:47:05 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 08:01:17 2012
Кодировка: Windows-1251
A/B DNA

На главную страницу
На главную страницу третьего семестра

A- и B-формы ДНК

  1. С помощью программы fiber пакета 3DNA построены A- и B-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого - 4 раза повторенная последовательность "gatc".
     fiber -b gatc-b.pdb
Fiber data in directory: /usr/share/x3dna/FIBER/
Structure #4; Twist: 36.0 (degrees); Rise: 3.375 (Angstrom)

Input your base sequence with only A,C,G & T:
1. From a data file (complete sequence)
2. From keyboard (enter only the repeating sequence)
Your choice (1 or 2, Dft: 2): 2

Repeating unit (Dft: polyA): gatc
Repeating unit: GATC
Number of repeats (Dft: 10): 4
    Получены структуры:
              gatc-a.pdb
              gatc-b.pdb

  2. Далее приведена сравнительная характеристика A и B форм ДНК, а также ДНК из pdb-структуры "dna42.pdb".

      A-форма B-форма Файл dna42.pdb
    Тип спирали (правая или левая) правая правая правая
    Шаг спирали (Å) 28,02 33,75 31,77
    Число оснований на виток 11 10 12
    Ширина большой бороздки 7,98
    (C8, цепь A)    		 11,68
    (C8, цепь A)    		 10,57
    (U19, цепь B)
    Ширина малой бороздки 16.81
    (C8, цепь A)    		 17,21
    (C8, цепь A)    		 16,30
    (U19, цепь B)

    Далее приведены иллюстрации к данной таблице

      A-форма B-форма файл dna42.pdb
    шаг спирали
    ширина бороздок

    Таким образом, ДНК из файла dna42.pdb являетя A-формой НК. Это двуцепочечная РНК (U вместо T). Она представляет собой две одинаковые цепи, идеально комплиментарные друг другу: 
    
  chain A     5'  cuauugcgguacc 3'    
                  |||||||||||||       
  chain B     3'  cuauugcgguacc 5'

     

  3. Проведен анализ всех трех структур ДНК с помощью программ find_pair и analyze. 
                     alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi 
a                -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
b                -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
Файл dna42.pdb   -67.0  -177.8    50.7    80.8  -144.5   -75.1  -161.6
    Из сравнения углов видно, что ДНК из файла dna42.pdb имеет A-форму. Заметим, что наиболее характерные углы – β, δ, ζ и χ.
     
  4. Программа pdb2img строит изображения структуры в виде стопочной модели: 
     
   rotate_mol -b gatc-b.pdb bw.pdb      # поворот структуры
   pdb2img -c bw.pdb b_3w.ps            
   pdb2img -c gatc-b.pdb b_3.ps
      A-форма B-форма файл dna42.pdb
    вид сбоку
    вид сверху

©Семенюк Павел