На главную страницу
На главную страницу третьего семестра

Поиск сходных нуклеотидных последовательной, не кодирующих белки

Поставленная задача — выбрать тРНК у кишечной палочки (Escherichia coli K-12) и найти наиболее похожую на нее последовательность в родственном геноме. В качестве "родственного" генома был предложен геном достаточно далекого организма – геном сенной палочки (Bacillus subtilis), см. P:/tmp/bs_genome.fasta

Определение тРНК которая была использована рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка AROE_ECOLI

4-й аминокислотный остаток белка AROE_ECOLI – тирозин (Y).

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка AROE_ECOLI	тирозин (Y, Tyr)
Соответствующий кодон в гене aroE	5'-AUA-3' (complement)
Идеальный антикодон	5'-AUA-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка Y, если опираться на генетический код?	2 (UAC/UAU)
Вырожденные позиции	кодон: UAY антикодон: RUA
Сколько разных тРНК для остатка Y аннотировано в геноме кишечной палочки?	В геноме содержится 3 гена тирозиновой тРНК, но они идентичны
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
имя гена	tyrV
локализация гена в геноме	complement (1286467..1286551)
распознаваемый кодон	UAY
антикодон	GUA
Результат поиска всех тирозиновых тРНК у Escherichia coli K-12 Использована команда: grep codon.*tyrosine ecoli.embl >codon.txt Результат: FT /note="codons recognized: UAY; anticodon: GUA tyrosine FT /note="codons recognized: UAY; anticodon: GUA tyrosine FT /note="codons recognized: UAY; anticodon: GUA tyrosine Это три разных участка генома, но они идентичны

Поиск гомологичных тРНК в родственном геноме

Поставленная задача — найти в геноме Bacillus subtilis (P:/tmp/bs_genome.fasta) последовательность, наиболее похожую на последовательность тирозиновой тРНК из E.coli, выбранную в упр. 1. Поиск проведен с помощью 4-х разных программ для быстрого поиска сходных нуклеотидных последовательностей.
Использованы программы соотверственно:

      fasta34 tRNA.fasta /home/export/samba/public/tmp/bs_genome.fasta 6
      blastall -p blastn -d bs -i tRNA.fasta -o blastn.txt
      megablast -d bs -i tRNA.fasta -o megablast.txt
      megablast -d bs -i tRNA.fasta -o dmegablast.txt -D 2 -W 11 -t 16 -N 2
 

Программа	FASTA	BLASTN	MegaBLAST	discontiguous MegaBLAST
Длина якоря	6	11	28	16, 11 значимых
Результаты поиска	fasta.txt	blastn.txt	ничего не найдено	dmegablast.txt
Число находок с E-value < 0,01	1	0	0	0
Характеристика лучшей находки:
E-value	6,4*10-6	0,24	---	0,23
длина выравнивания	93	19	---	19
вес выравнивания	126 (38,1 bits)	15 (30,2 bits)	---	15 (30,2 bits)
координаты в геноме	22290..22382	4154186..4154168	---	4154186..4154168
Аннотация лучшей находки по записи EMBL:
имя гена	trnSL-Ser1	неинформативная находка	---	неинформативная находка
это тРНК?	РНК	---	---	---
это тоже тирозиновая тРНК?	сериновая	---	---	---

Единственную реально значимую находку выдала программа FASTA. Это сериновая тРНК.

По полученным данным можно только сказать, что алгоритм работы программы FASTA не похож на остальные.