Работа в Pymol
Шестой семестр
1. Sculpting в Pymol
Режим Sculpting позволяет вручную изменять геометрию молекулы. При перемещении одних атомов другие атомы движутся так, чтобы длины связей и размеры углов оставались правдоподобными.2. Мутагенез
Лиганд располагается в углублении на поверхности фермента и образует несколько водородных связей с ним. Чтобы нарушить связывание с ферментом можно, например, заменить ASP101 и ASP52, формирующие водородные связи на неполярные аминокислоты. Кроме того, можно уменьшить объем сайта связывания, если заменить VAL109 на PHE или TRP.
Исходная структура 1LMP
4
Мутация VAL109PHE
Мутация VAL109TRP
Замена VAL109 на PHE (сверху) или TRP (снизу) ведет к перекрыванию активного сайта и осложнению связывания субстрата.
3. Анимационный ролик. Замена VAL109TRP.
Нативный белок показан серым, мутантный - голубым, лиганд, связанный с нативным белком - фиолетовым.
4. Присоединение флуоресцентной метки
Сложноэфирную связь можно образовать с какой-нибудь аминокислотой, содержащей -ОН группу и находящейся на поверхности белка. Например, с THR89.
5. Построение поли-аланиновой кислоты
скрипт