Gene Ontology

Заданый белок :

SwissProt ID LUXS_BACSU
SwissProt AC O34667


Описание функции белка LUXS_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

Страница UniProt с описанием белка.



	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где?	C	0
Зачем, для чего?	P	2	Quorum sensing - способность одноклеточных организмов определять плотность колонии по концентрации сигнальных молекул, которые продуцирует каждая клетка.
Молекулярный механизм?	F	1	Катализирует реакцию : S-(5-дезокси-D-рибозо-5-ил)-L-гомоцистеин = (S)-4,5-дигидроксипентан-2,3-дион + L-гомоцистеин.
Специфичность?	F	1	субстрат - S-(5-дезокси-D-рибозо-5-ил)-L-гомоцистеин

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0043768	exact: ribosylhomocysteinase activity S-ribosylhomocysteinase activity related: 3.2.1.148 S-(5-deoxy-D-ribos-5-yl)-L-homocysteine homocysteine-lyase [(4S)-4,5-dihydroxypentan-2,3-dione-forming]	S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a molecular_function (GO:0003674) S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a catalytic activity (GO:0003824) S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a lyase activity (GO:0016829) S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a carbon-sulfur lyase activity (GO:0016846)	-
GO:0005506	exact: iron binding	iron ion binding molecular_function (GO:0003674) iron ion binding is_a binding (GO:0005488) iron ion binding is_a ion binding (GO:0043167) iron ion binding is_a cation binding (GO:0043169) iron ion binding is_a metal ion binding (GO:0046872) iron ion binding is_a transition metal ion binding (GO:0046914)	iron chaperone activity (GO:0034986) is_a iron ion binding heme binding (GO:0020037) is_a iron ion binding ferrous iron binding (GO:0008198) is_a iron ion binding ferric iron binding (GO:0008199) is_a iron ion binding
GO:0009372	exact : quorum sensing system related:	quorum sensing is_a biological regulation (GO:0065007) quorum sensing is_a regulation of biological quality (GO:0065008) quorum sensing is_a biological_process (GO:0008150) quorum sensing is_a homeostatic process (GO:0042592) quorum sensing is_a homeostasis of number of cells (GO:0048872) quorum sensing is_a multi-organism process (GO:0051704) quorum sensing is_a homeostasis of number of cells in a free-living population (GO:0048874)	cell-cell signaling involved in quorum sensing (GO:0010699) part_of quorum sensing interspecies quorum sensing (GO:0052097) is_a quorum sensing intraspecies quorum sensing (GO:0052100) is_a quorum sensing




GO:0043768	GO:0005506	GO:0009372

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Определение числа реальных и гипотетических белков

Заданный таксон : Bos taurus taurus
Русское название : Корова
Английское название : cow
Ранг : species
NCBI_TaxID : 9913


Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Bos taurus (по данным UniProt)

	Количество в UniProt	Количество в UniRef100
Существование белка доказано экспериментально	1366	1386
Известны только соответствующие транскрипты	11881	11693
Гипотетический белок, предсказан по гомологии	2270	2234
Иные предсказанные гипотетические белки	18340	17819

Использование GO для работы с массовыми данными

Описание протеома бактерии, полный геном которой секванирован, используя термины GO.

Выбранная бактерия : Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325
• Число белков протеома - 6988;
• Хотя бы один термин GO приписан 34,7% записей (2425 записей);
• Частота встречаемости терминов по словарям :
  
  
  
  Из гистограммы видно, что чаще всего встречается 'F', а реже всего - 'C'.
  
  
• Наиболее часто встречающиеся термины из каждого словаря :
  
  
  
  
• Что удивило :
  
  • Странно, что 'membrane' меньше, чем 'integral to membrane'.
  • 'catalytic activity' меньше, чем, например, 'oxidoreductase activity'.



Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Функция: Трансляция (translation)
GO ID: GO:0006412
Словарь: P
Запрос SRS:

([libs={uniprot swissprot sptrembl}-DbName:GO*] &  [libs-DBxref:GO:0006412*]) 

(а можно и через QuickGO)
Кол-во находок: 380309 находок



(*) Определение главной функции в большом списке белков