Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~nrar/Term4/aligninf.needle Дата изменения: Fri May 29 10:03:47 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:14:36 2012 Кодировка:

########################################
# Program: needle
# Rundate: Fri 29 May 2009 10:03:47
# Commandline: needle
# [-asequence] A0W1Y5.fasta
# [-bsequence] 1LDF.fasta.txt
# -outfile aligninf.needle
# Align_format: srspair
# Report_file: aligninf.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: A0W1Y5
# 2: 1LDF
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 281
# Identity: 247/281 (87.9%)
# Similarity: 264/281 (94.0%)
# Gaps: 0/281 ( 0.0%)
# Score: 1309.0
#
#
#=======================================

A0W1Y5 1 MSQTSTLKGQCIAEFLGTGLLIFFGVGCVAALKVAGATFGQWEISIIWGL 50
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:|:||
1LDF 1 MSQTSTLKGQCIAEFLGTGLLIFFGVGCVAALKVAGASFGQWEISVIFGL 50

A0W1Y5 51 GVAMAIYLTAGVSGAHLNPAVTIALWLFACFDGRKVVPFIISQFAGAFCA 100
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||:|||:||.||||||
1LDF 51 GVAMAIYLTAGVSGAHLNPAVTIALWLFACFDKRKVIPFIVSQVAGAFCA 100

A0W1Y5 101 AALVYGLYYNLFIDFEQTHHMVRGSVESLDLAGIFSTYPNPHINFVQAFA 150
||||||||||||.|||||||:|||||||:||||.||||||||||||||||
1LDF 101 AALVYGLYYNLFFDFEQTHHIVRGSVESVDLAGTFSTYPNPHINFVQAFA 150

A0W1Y5 151 VEMVITAILMGVIMALGDDGNGIPRGPLAPLLIGLLIAVIGASMGPLTGF 200
|||||||||||:|:||.|||||:||||||||||||||||||||||||||.
1LDF 151 VEMVITAILMGLILALTDDGNGVPRGPLAPLLIGLLIAVIGASMGPLTGT 200

A0W1Y5 201 AMNPARDLGPKTFAFFAGWGEVAFTGAKDIPYFLVPLFGPIAGAALGAFG 250
|||||||.|||.||:.||||.|||||.:|||||||||||||.||.:|||.
1LDF 201 AMNPARDFGPKVFAWLAGWGNVAFTGGRDIPYFLVPLFGPIVGAIVGAFA 250

A0W1Y5 251 YRKLIGRHLPCDTCVEDEKETTSTAQQKASL 281
||||||||||||.||.:|||||:.::|||||
1LDF 251 YRKLIGRHLPCDICVVEEKETTTPSEQKASL 281


#---------------------------------------
#---------------------------------------