Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~nastia/term4/go.doc Дата изменения: Mon May 30 10:26:26 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:24:14 2012 Кодировка: koi8-r

I.

1. Описание функций белка PHOT_BACSU с помощью аннотации Gene Ontology:

| |Онтология GO |Количество |Функция белка |
| |(название |разных |(краткое описание, близкое к |
| |словаря) |ассоциированны|тексту определения термина(ов) GO|
| | |х терминов GO | |
|Где? | | | |
|Зачем, для |Process |9 |двукомпонентная система |
|чего? | | |трансдукции сигнала |
| | | |(фосфорилирующая) - |
| | | |Консервативный ряд молекулярных |
| | | |сигналов прокариот и эукариот; |
| | | |включает в себя |
| | | |аутофосфорилирование гистидин |
| | | |киназы и трансфер фосфатной |
| | | |группы на аспартат, который затем|
| | | |служит фосфо-донором в ответе |
| | | |регуляторным белкам. |
| | | |транскрипция, ДНК-зависимая - |
| | | |Клеточный синтез РНК по шаблону |
| | | |ДНК. |
| | | |регуляция транскрипции, |
| | | |ДНК-зависимая - Любой процесс, |
| | | |который регулирует частоту, |
| | | |скорость или степень клеточной |
| | | |ДНК-зависимой транскрипции. |
| | | |трансдукция сигнала - Клеточный |
| | | |процесс, где сигнал передается с |
| | | |тем, чтобы инициировать изменения|
| | | |в активности или состоянии |
| | | |клетки. Трансдукция сигнала |
| | | |начинается с приема сигнала |
| | | |(например, лиганд связывается с |
| | | |рецептором, или лиганд |
| | | |активируется стимулом, таким, как|
| | | |свет), и заканчивается регуляцией|
| | | |каскада клеточных процессов |
| | | |(например, регуляцией |
| | | |транскрипции, или регуляцией |
| | | |метаболических процессов). |
| | | |Трансдукция сигналов охватывает |
| | | |сигналы от рецепторов, |
| | | |расположенных на поверхности |
| | | |клетки и сигналы от молекул, |
| | | |расположенных внутри клетки. |
| | | |Касаемо передачи сигнала между |
| | | |клетками, трансдукция сигнала |
| | | |ограниченна событиями на |
| | | |поверхности и внутри |
| | | |клетки-адресата. |
| | | |связь белок-хромофор - |
| | | |Ковалентное или не ковалентное |
| | | |прикрепеление хромофора к белку. |
| | | |ответ на стимул - Любой процесс, |
| | | |в ходе которого происходят |
| | | |изменения в состоянии или |
| | | |активности клетки или организма -|
| | | |как результат стимула. Процесс |
| | | |начинается с восприятия стимула, |
| | | |и заканчивается изменениями в |
| | | |состоянии или активности клетки |
| | | |или организма. |
|Молекулярный |Function |4 |двукомпонентная сенсорная |
|механизм? | | |активность - Катализ |
| | | |фосфорилирования гистидинового |
| | | |а.о. в ответ на обнаружения |
| | | |внешнего сигнала, такого как |
| | | |лиганд или изменение окружающей |
| | | |среды, с тем, чтобы инициировать |
| | | |изменения в состоянии или |
| | | |активности клетки. |
| | | |сигнал-трансдуцирующая активность|
| | | |- Передача сигнала через клетку с|
| | | |тем, чтобы инициировать изменения|
| | | |в функционировании или состоянии |
| | | |клетки. Сигнал - это физическая |
| | | |сущность или изменение в |
| | | |состоянии, которое используется |
| | | |для передачи информации, с тем, |
| | | |чтобы инициировать ответ. |
| | | |рецепторная активность - |
| | | |Взаимодействие с внеклеточными и |
| | | |внутриклеточными мессенджерами, |
| | | |ведущее к изменению активности |
| | | |клетки. |
| | | |фоторецепторная активность - |
| | | |Функция поглощения и реагирования|
| | | |на случайное электромагнитное |
| | | |излучение, особенно на видимый |
| | | |свет. Ответ может включать в себя|
| | | |изменение конформации. |
|Специфичность| | | |
|? | | | |


2. Описание терминов GO, ассоциированных с белком PHOT_BACSU:

|GO ID выбранного |Список синонимов |Список ближайших |Список ближайших |
|термина | |родительских |дочерних терминов|
| | |терминов GO с |GO с указанием |
| | |указанием типа |типа связи |
| | |связи | |
|GO:0018298 |- |Для всех терминов|Для всех терминов|
|protein-chromopho| |связь: |связь: дочерний |
|re linkage | |protein-chromopho|термин is_a |
|(онтология | |re linkage is_a |protein-chromopho|
|Process) | |родительский |re linkage. |
| | |термин. |peptide |
| | |biological_proces|cross-linking via|
| | |s (GO:0008150) |2-imino-glutamic |
| | |cellular process |acid |
| | |(GO:0009987) |5-imidazolinone |
| | |cellular |glycine |
| | |metabolic process|(GO:0051358) |
| | |(GO:0044237) |peptide |
| | |metabolic process|cross-linking via|
| | |(GO:0008152) |2-imino-glutaminy|
| | |primary metabolic|l-5-imidazolinone|
| | |process |glycine |
| | |(GO:0044238) |(GO:0019729) |
| | |cellular |peptide |
| | |macromolecule |cross-linking via|
| | |metabolic process|2-imino-methionin|
| | |(GO:0044260) |e 5-imidazolinone|
| | |macromolecule |glycine |
| | |metabolic process|(GO:0051359) |
| | |(GO:0043170) |peptide |
| | |protein metabolic|cross-linking via|
| | |process |2-tetrahydropyrid|
| | |(GO:0019538) |inyl-5-imidazolin|
| | |cellular protein |one glycine |
| | |metabolic process|(GO:0051362) |
| | |(GO:0044267) |peptide |
| | |macromolecule |cross-linking via|
| | |modification |3-(2-methylthio)e|
| | |(GO:0043412) |thyl-6-(4-hydroxy|
| | |protein |benzylidene)-5-im|
| | |modification |inopiperazin-2-on|
| | |process |e (GO:0051357) |
| | |(GO:0006464) |peptide |
| | | |cross-linking via|
| | | |L-asparagine |
| | | |5-imidazolinone |
| | | |glycine |
| | | |(GO:0051360) |
| | | |peptide |
| | | |cross-linking via|
| | | |L-lysine |
| | | |5-imidazolinone |
| | | |glycine |
| | | |(GO:0051361) |
| | | |peptide |
| | | |cross-linking via|
| | | |L-seryl-5-imidazo|
| | | |linone glycine |
| | | |(GO:0018252) |
| | | |protein-chromopho|
| | | |re linkage via |
| | | |peptidyl-cysteine|
| | | |(GO:0019922) |
| | | |protein-chromopho|
| | | |re linkage via |
| | | |peptidyl-N6-3-deh|
| | | |ydroretinal-L-lys|
| | | |ine (GO:0019931) |
| | | | |
| | | |protein-chromopho|
| | | |re linkage via |
| | | |peptidyl-N6-retin|
| | | |al-L-lysine |
| | | |(GO:0018273) |
| | | |protein-chromopho|
| | | |re linkage via |
| | | |peptidyl-S-4-hydr|
| | | |oxycinnamyl-L-cys|
| | | |teine |
| | | |(GO:0018097) |
|GO:0009881 |blue-sensitive |Для всех терминов|Для всех терминов|
|photoreceptor |opsin |связь: |связь: дочерний |
|activity |green-sensitive |photoreceptor |термин is_a |
|(онтология |opsin |activity is_a |photoreceptor |
|Function) |long-wave-sensiti|родительский |activity. |
| |ve opsin |термин. |blue light |
| |opsin |molecular_functio|photoreceptor |
| |red-sensitive |n (GO:0003674) |activity |
| |opsin |molecular |(GO:0009882) |
| |short-wave-sensit|transducer |G-protein coupled|
| |ive opsin |activity |photoreceptor |
| |UV-sensitive |(GO:0060089) |activity |
| |opsin |signal transducer|(GO:0008020) |
| |violet-sensitive |activity |red or far-red |
| |opsin |(GO:0004871) |light |
| | |receptor activity|photoreceptor |
| | |(GO:0004872) |activity |
| | | |(GO:0009883) |


Изображение графа родительских и дочерних терминов для термина protein-
chromophore linkage.

[pic]



Изображение графа родительских и дочерних терминов для термина
photoreceptor activity.



[pic]



II.

. русское название таксона: Морская свинка

. английское название таксона: Domestic guinea pig

. латинское название таксона: Cavia porcellus

. ранг: вид

. Taxonomy ID: 10141



Поле ProteinExistence БД UniProt может принимать следующие значения:

1: - evidence at protein level

2: - evidence at transcript level

3: - inferred from homology

4: - predicted

5: - uncertain

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Cavia porcellus.
| |Количество в UniProt |Количество в UniRef100 |
|Существование белка |95 |279 |
|доказано | | |
|экспериментально | | |
|Известны только |573 |763 |
|соответствующие | | |
|транскрипты | | |
|Гипотетический белок, |111 |110 |
|предсказан по гомологии| | |
|Иные предсказанные |75 |75 |
|гипотетические белки | | |


III.

1. Выбранная бактерия - Magnetospirillum magneticum AMB-1.

. число белков протеома: 4559 (запрос к БД Uniprot по имени организма -
4516 белков)

. число белков, для которых нашлась хотя бы одна запись GO: 2845 (62,4%)

.

[pic]

. Наиболее часто встречающиеся термины:

1. в словаре Cellular component (C): integral to membrane (GO:0016021)


cytoplasm (GO:0005737)


membrane (GO:0016020)

2. в словаре Molecular function (F): ATP binding (GO:0005524)

DNA binding (GO:0003677)

metal ion binding (GO:0046872)

catalytic activity (GO:0003824)

3. в словаре Biological process (P): regulation of transcription, DNA-
dependent (GO:0006355)


oxidation-reduction process (GO:0055114)



2.

. название функции: репликация ДНК

. перевод названия на английский: DNA replication

. выбранный GO ID: GO:0006260

. словарь, к которому относится выбранный GO ID: Biological process
(P)

. запрос к SRS: ([uniprot-NCBI_TaxId: 10141*] > ([uniprot-DbName:GO*]
& [uniprot-DBxref:GO:0006260*]))

. количество находок: 0