Объект исследования - одна молекула этана.
Подготовливаем файл координат:
- Создаем индекс файл в котором будет группа из одной молекулы этана: make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx -> ri 1 -> q . Индекс файл - 1.ndx
- Cоздаем gro файл с одной молекулой этана - editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx -> 3 (выбираем номер, соответствующий группе из одной молекулы). et1.gro
- Зададем ячейку и распологаем молекулу по центру ячейку - editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -c . et.gro
Подготовливаем файл топологии - et.top
Контроль температуры в молекулярной динамике был реализован пятью различными методами. Файлы с результатами счета можно посмотреть в соответствующих папках:
метод Берендсена для контроля температуры - папка be
метод "Velocity rescale" для контроля температуры - папка vr
метод Нуза-Хувера для контроля температуры - папка nh
метод Андерсена для контроля температуры - папка an
метод стохастической молекулярной динамики - папка sd
| метод для контроля температуры | визуальный анализ системы | потенциальная и кинетическая энергия системы | распределение длинны связи С-С за время моделирования |
| метод Берендсена | pdb Молекула вращается с бешеной скоростью. |  |  |
| метод "Velocity rescale" | pdb Молекула дрожит, быстро вращается. |  |  |
| метод Нуза-Хувера | pdb Связь С-С неподвижна, связи С-Н быстро вращаются. |  |  |
| метод Андерсена | pdb Молекула дрожит. |  |  |
| метод стохастической молекулярной динамики | pdb Молекула быстро хаотично движется. |  |  |
По-видимому, метод стохастической молекулярной динамики позволяет наиболее реалистично поддерживать температуру в системе: реалистичные движения молекулы, распределение длин связей похоже на больцмановское.