PSI-BLAST

Таблица отчета 1. Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt

Параметры программы blastp:

• учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - no adjustment(значение по умолчанию);
• фильтр на области низкой сложности - фильтр поставлен(значение по умолчанию);
• максимальное значение E-value - 10 (значение по умолчанию);
• максимальное количество находок (Number of Descriptions) поставлен 1000.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5*10-82	LGB1_LUPLU	100	154
В бактериях (Bacteria)	36	1*10-6	HMP_RHIME	29	117
В Escherichia coli K-12	-	-	-	-	-
В животных (Metazoa)	26	2*10-6	NGB_BRARE	25	141
В человеке	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28	78

В человеке удалось найти 3 белка, а в кишечной палочке ни одного.

Таблица 2. Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST

Параметры программы blastp:

• учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - no adjustment(значение по умолчанию);
• фильтр на области низкой сложности - фильтр поставлен(значение по умолчанию);
• максимальное значение E-value - 10 (значение по умолчанию);
• максимальное количество находок (Number of Descriptions) поставлен 1000.

Количество находок с E-value меньшим, чем 0,005, перестало возрастать после 5ти итераций.

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
					Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	+	5	+	-	-	-	-	CRNL1_HUMAN	5.8	28	78
2	38	+	332	+	HMP_ECOLI	1e-29	20	148	NGB_HUMAN	2e-19	21	143
3	38	-	879	+	HMP_ECOLI	6e-2	20	148	HBG2_HUMAN	8e-45	18	150
4	38	-	884	+	HMP_ECOLI	2e-22	20	143	HBE_HUMAN	5e-54	17	154
4	38	-	884	-	HMP_ECOLI	2e-22	20	143	HBE_HUMAN	5e-54	17	154

1. Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?

   Программу Psi-blast используют при поиске далеких гомологов, которые не могут быть найдены программой blastp. Примером являются гомологи исследуемого белка из Escherichia coli, которые не были найдены с помощью программы blastp, но в то же время были найдены программой Psi-blast

2. Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?

   Первая итерация - выборка предположительных гомологов исследуемого белка, те же результаты дает blastp.

3. Что удалось найти, по Вашему мнению, в результате упражнения ?2?

   В результате упражнения ?2 были получены гомологи белка LGB1_LUPLU. При этом были найдены гомологи исследуемого белка среди белков Esherichia coli, которые не удалось найти при поиске с использованием blastp. Вообще, Psi-blast используется для нахождения далеких гомологов, принадлежащих организмам из различных таксонов.

4. Что происходит с "лучшими находками" на разных итерациях?

   1. Могли меняться сами "лучшие" находки, так как меняются белки, найденные новым профилем по сравнению с предыдущей итерацией. Как видно из таблицы ?2, смена лучшей находки наблюдается среди белков из Homo sapiens sapiens. При этом лучшая находка среди белков Esherichia coli оставалась постоянной.
   2. Изменяется количество самих находок.
   3. С каждой новой итерацией (не считая последней) изменяются значения E-value и процент идентичности, так как опять же меняется находка и появляются новые найденные белки.