Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~mumla/term1/ligand.html
Дата изменения: Wed Dec 21 14:24:52 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:23:55 2012
Кодировка: Windows-1251

Ligand На заглавную страницу

Изображение области связывания оксалат иона с четырьмя, окружающими его цепями.

На рисунке изображен непосредственный контакт молекулы Оксалат иона и окружающих его аминокислотных остатков из четырех цепей.
Для того, чтобы отобразить именно этот контакт, со всеми связями,
характерными для этого взаимодействия выделяется 5-ангстремная окрестность оксалата.Там определяются связи. Затем аминокислоты и молекула подписываются.

Генноинженерный эксперимент

Аминокислотные остатки, контактирующие с молекулой OXL 3:
1. Серин 122 из цепи C, Серин 122 из цепи I, Аргинин 96 из цепи H и Аргинин 96 из цепи J.
2. Заменить Аргинин 96 из цепи H на Фенилаланин
3. Заменить остаток Серин 122 из цепи С на Аспарагиновую кислоту
4. Если заменить Аргинин 96 из цепи H на Фенилаланин, то, в данном случае, утратится способность образовывать водородную связь кислород - азот, в связи с тем, что в радикале Фенилаланина присутствует бензольное кольцо, но нет азота. Таким образом, при замене этих аминокислот, связь данных молекул нарушается. Если же менять Аргинин на что-либо другое, тоже, по-видимому, неспособное образовывать связь с оксалатом, например на Глицин, может произойти какое-то другое взаимодействие, исходящее из относительно небольших размеров этого остатка, что в случае с Фенилаланином менее вероятно, так как место, занимаемое им значительно больше. Если же заменить полярный аминокислотный остаток Серин 122 из цепи С на полярный аминокислотный остаток Аспарагиновую кислоту, то, в данном случае, водородная связь, видимо, нарушаться не будет. Oxalate ion образует водородную связь с ОН-группой серина. Она замещается на СООН-группу аспарагиновой кислоты, в которой по-прежнему присутствует ОН-группа. В остальном радикалы аспарагиновой кислоты и серина одинаковы (т.е. не нарушаются другие связи с аминокислотным окружением, которые могут привести к деформации той части белка, которая контактирует с оксалатом).