Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~mtih/t3_files/tree.html
Дата изменения: Tue Dec 6 19:08:40 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:23:26 2012
Кодировка: Windows-1251

Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов.

на главную

Изначально была дана скобочная формула дерева. Восстановленное по ней дерево приведено ниже

(дерево есть также на странице эволюционная модель)
Было создано выравнивание последовательностей соответствующих листьям. Данное выравнивание не содержит гэпов, так как известно, что все последовательности произошли из одной исходной путем замен одного нуклеотида на другой. Затем с помощью программы ednadist были определены эволюционные расстояния по Джуксу - Кантору. Параметр "Transition/transversion ratio" принимася за "1.0", поскольку в эволюционной модели транзиции и трансверсии не различались. Полученная матрица приведена ниже.

    6
A           0.000000  1.200391  1.542358  1.522919  1.535822  1.555603
B           1.200391  0.000000  1.432629  1.302772  1.372706  1.377960
C           1.542358  1.432629  0.000000  1.136608  1.074301  1.117739
D           1.522919  1.302772  1.136608  0.000000  0.594625  0.624913
E           1.535822  1.372706  1.074301  0.594625  0.000000  0.355236
F           1.555603  1.377960  1.117739  0.624913  0.355236  0.000000

Затем были построены филогенетические деревья

по методу UPGMA с помощью программы eneighbor,

((A:0.60020,B:0.60020):0.12748,(C:0.55477,(D:0.30488,(E:0.17762, F:0.17762):0.12727):0.24989):0.17290);
Данное дерево является единственным укорененным из всех построенных. Использовалась матрица попарных эволюционных расстояний
по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor,

(B:0.51637,(C:0.57621,(D:0.30311,(E:0.16305,F:0.19218):0.12904): 0.22787):0.31109,A:0.68402);
использовалась матрица попарных эволюционных расстояний
по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood)с помощью программы ednaml,

(B:0.55042,(((F:0.19170,E:0.17090):0.11903,D:0.32940):0.22528, C:0.64004):0.34202,A:0.72472);
использовалось выравнивание
по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars.

((((F:0.15197,E:0.14405):0.12807,D:0.20054):0.18038,C:0.29026):0.18805, B:0.30465,A:0.33143);
использовалось выравнивание

Табл.1. Cравнение топологии исходного филогенетического дерева модели и 4-х вариантов его реконструкции

Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	Neighbor- Joining	ML	Parsimony
`A B C D E F`	Исходное дерево модели	UPGMA	Neighbor- Joining	ML	Parsimony
`. . * * * *`	+	+	+	+	+
`. . . * * *`	+	+	+	+	+
`. . . . * *`	+	+	+	+	+

Все программы справились с поставленной перед ними задачей. Они все правильно восстановили исходное дерево. Алгоритм UPGMA не только построил правильное дерево, но и правильно укоренил его. В целом программы соблюли расстояние между узлами и листьями.
Деревья изображались с помощью программы TreeView.