Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~mtih/t4_files/task2.html
Дата изменения: Tue Mar 14 20:16:32 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:54:58 2012
Кодировка: Windows-1251

Что значит код фермента EC 5.1.3.1

EC 5. Изомеразы
EC 5.1 Рацемазы и эпимеразы.
EC 5.1.3 Субстрат - углеводы и их производные.
EC 5.1.3.1 рибулозо-фосфат 3-эпимераза

Использование средств специализированного ресурса Brenda для характеристики фермента EC 5.1.3.1

Реакция:

Общее количество ферментов - 232

ингибиторы:
Cu(CH₃COO)₂, D-Deoxyribose 5-phosphate, DL-alpha-glycerophosphate, HgCl₂, Iodoacetate, NEM, PCMB, Potassium phosphate, SO₄^2-

D-Deoxyribose_5-phosphate PCMB
активаторы - не найдены.
оптимум рН:
Spinacia oleracea - 8.3
Saccharomyces cerevisiae - 8
Bos taurus - 7.4
болезни человека, связанные с данным ферментом - не найдены.
субъединичная структура:
Димер - Bos taurus, Homo sapiens, Oryza sativa, Saccharomyces cerevisiae.
Гексамер - Solanum tuberosum.
Октамер - Spinacia oleracea.
пострансляционные модификации - не найдены.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Таблица. Доменная организация белков рибулозо-фосфат 3-эпимераз.

белок	идентификатор	положение домена	графическое изображение
RPE_ECOLI	PF00834	5-206
RPE_HUMAN	PF00834	6-204
RPE_METJA	PF00834	3-201

Как видно все белки обладают одинаковой доменной структурой.
Таблица. Попарная итентичность

	RPE_ECOLI	RPE_HUMAN	RPE_METJA
RPE_ECOLI	100.0%
RPE_HUMAN	41.4%	100.0%
RPE_METJA	42.1%	35.4%	100.0%

Как видно белки обладают не плохой идентичностью для столь удаленных организмов
Выравнивания:

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: RPE_ECOLI
# 2: RPE_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 203
# Identity:      84/203 (41.4%)
# Similarity:   123/203 (60.6%)
# Gaps:           5/203 ( 2.5%)
# Score: 387.5
#
#
#=======================================

RPE_ECOLI          1 LIAPSILSADFARLGEDTAKALAAGADVVHFDVMDNHYVPNLTIGPMVLK     50
                     .|.||||::|.|.||.:..:.|.:|||.:|.||||.|:|||:|.|..|::
RPE_HUMAN          1 KIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVE     50

RPE_ECOLI         51 SLR-NYGITAPIDVHLMVKPVDRIVPDFAAAGASIITFHPEASEHVDRTL     99
                     ||| ..|.....|:|:||...::.|...|.|||:..|||.||:|:....:
RPE_HUMAN         51 SLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALI    100

RPE_ECOLI        100 QLIKENGCKAGLVFNPATPLSYLDYVMDKLDVILLMSVNPGFGGQSFIPQ    149
                     :.|:|||.|.||...|.|.:.||....:::|:.|:|:|.||||||.|:..
RPE_HUMAN        101 KDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMED    150

RPE_ECOLI        150 TLDKLREVRRRIDESGFDIRLEVDGGVKVNNIGEIAAAGADMFVAGSAIF    199
                     .:.|:..:|.:..    .:.:||||||..:.:.:.|.|||:|.|:||||.
RPE_HUMAN        151 MMPKVHWLRTQFP----SLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIM    196

RPE_ECOLI        200 DQP    202
                     ...
RPE_HUMAN        197 RSE    199


#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: RPE_ECOLI
# 2: RPE_METJA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 202
# Identity:      85/202 (42.1%)
# Similarity:   120/202 (59.4%)
# Gaps:           3/202 ( 1.5%)
# Score: 395.5
#
#
#=======================================

RPE_ECOLI          1 LIAPSILSADFARLGEDTAKALAAGADVVHFDVMDNHYVPNLTIGPMVLK     50
                     .|..|||||||..|.|:..||..||.|..|.|:||.|:|||:::|..:.|
RPE_METJA          1 KIGASILSADFGHLREEIKKAEEAGVDFFHVDMMDGHFVPNISMGIGIAK     50

RPE_ECOLI         51 SLRNYGITAPIDVHLMVKPVDRIVPDFAAAGASIITFHPEASEHVDRTLQ    100
                     .::.. ...|::|||||:.||..|.:|..  ...||||.||.:...|.:.
RPE_METJA         51 HVKKL-TELPVEVHLMVENVDLFVNEFEE--MDYITFHIEAVKFPFRIIN     97

RPE_ECOLI        101 LIKENGCKAGLVFNPATPLSYLDYVMDKLDVILLMSVNPGFGGQSFIPQT    150
                     .||..|.|..:..||||||..::|::..:..:|:|:|.|||.||.|||..
RPE_METJA         98 RIKSIGAKPIVALNPATPLDAIEYILGDVYAVLVMTVEPGFSGQKFIPVM    147

RPE_ECOLI        151 LDKLREVRRRIDESGFDIRLEVDGGVKVNNIGEIAAAGADMFVAGSAIFD    200
                     ..|:|:::..|.|:|:|.::.||||:.|........||||:.||.||||.
RPE_METJA        148 TKKIRKLKSMIVENGYDTKIFVDGGINVETAPLAVKAGADVLVAASAIFG    197

RPE_ECOLI        201 QP    202
                     :.
RPE_METJA        198 KD    199


#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: RPE_HUMAN
# 2: RPE_METJA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 212
# Identity:      75/212 (35.4%)
# Similarity:   119/212 (56.1%)
# Gaps:          26/212 (12.3%)
# Score: 313.5
#
#
#=======================================

RPE_HUMAN          1 KIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVE     50
                     |||.|||::|..:|..|..:..::|.|:.|:|:|||||||||:.|..:.:
RPE_METJA          1 KIGASILSADFGHLREEIKKAEEAGVDFFHVDMMDGHFVPNISMGIGIAK     50

RPE_HUMAN         51 SLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQY------TFHLEATE     94
                     .::| |.:.| .::|:||...:.:|        |::      |||:||.:
RPE_METJA         51 HVKK-LTELP-VEVHLMVENVDLFV--------NEFEEMDYITFHIEAVK     90

RPE_HUMAN         95 NPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGT---SVEYLAPWANQIDMALVMTVEPG    141
                     .|..:|..|:..|.|..:|:.|.|   ::||:   ...:...||||||||
RPE_METJA         91 FPFRIINRIKSIGAKPIVALNPATPLDAIEYI---LGDVYAVLVMTVEPG    137

RPE_HUMAN        142 FGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFP----SLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGAN    187
                     |.||||:..|..|:..|::...    ...|.||||:..:|.....:|||:
RPE_METJA        138 FSGQKFIPVMTKKIRKLKSMIVENGYDTKIFVDGGINVETAPLAVKAGAD    187

RPE_HUMAN        188 MIVSGSAIMRSE    199
                     ::|:.|||...:
RPE_METJA        188 VLVAASAIFGKD    199

Для получения результатов было написано 3 скрипта. Скрипт для получения аминокислотных последовательностей доменов (под DOS).

seqret -sequence fasta:RPE_ECOLI -sbegin 5 -send 206 stdout>>domen.fasta
seqret -sequence fasta:RPE_HUMAN -sbegin 6 -send 204 stdout>>domen.fasta
seqret -sequence fasta:RPE_METJA -sbegin 3 -send 201 stdout>>domen.fasta

Скрипт для получения попарной идентичности (под DOS)

echo RPE_ECOLI______________________ >>domen_alig.txt
needle -gapopen 10 -gapextend 0.5 -asequence domen.fasta:RPE_ECOLI -bsequence
domen.fasta stdout|find /I "# Identity:" >>domen_alig.txt
echo RPE_HUMAN______________________ >>domen_alig.txt
needle -gapopen 10 -gapextend 0.5 -asequence domen.fasta:RPE_HUMAN -bsequence
domen.fasta stdout|find /I "# Identity:" >>domen_alig.txt
echo RPE_METJA______________________ >>domen_alig.txt
needle -gapopen 10 -gapextend 0.5 -asequence domen.fasta:RPE_METJA -bsequence
domen.fasta stdout|find /I "# Identity:" >>domen_alig.txt

Скрипт для получения попарных выравниваний (под DOS)

echo RPE_ECOLI______________________ >>alig.txt
needle -gapopen 10 -gapextend 0.5 -asequence domen.fasta:RPE_ECOLI -bsequence
domen.fasta stdout>>alig.txt
echo RPE_HUMAN______________________ >>alig.txt
needle -gapopen 10 -gapextend 0.5 -asequence domen.fasta:RPE_HUMAN -bsequence
domen.fasta stdout>>alig.txt
echo RPE_METJA______________________ >>alig.txt
needle -gapopen 10 -gapextend 0.5 -asequence domen.fasta:RPE_METJA -bsequence
domen.fasta stdout>>alig.txt

Что можно найти в ENZYME

ENZYME - склад информации номенклатуре ферментов. Основан на рекомендациях Комитета по Номенклатуре Международного Союза Биохимии и Молекулярной Биологии (IUBMB). Описывает каждый тип фермента, для которого есть EC.