|
|
RMSD=0.320 (531 atom). Небольшое расхождение в области остатков 75-87. |
RMSD=0.366 (750 atom). Небольшое расхождение в области остатков 279-289. |
|
RMSD=0.527 (449 atom). |
Видим, что эти два белка очень хорошие ортологи. Для выравнивания третьего домена видим, что rmsd больше, чем в других выравниваниях. Возможно, что такое происходит из-за того, что в этом домене больше незначительных различий в расстояниях между атомами. Скорее всего, эти различия появляются на уровне построения модели по электронной плотности.
С помощью PDBeFOLD получили выравнивания в фаста-формате. С помощью сервиса Geometrical core нашли геометрическое ядро с порогом 2 A. И получили совмещение в PyMol:
|
|
RMSD=0.406 (15 atom). |
RMSD=6.198 (161 atom). |
|
RMSD=2.186 (192 atom). |
По значениям RMSD наилучшее выравнивание получается с помощью команды pair-fit. С помощью команды align получилось наихудшее выравнивание - при выравнивании две цепи были перевернуты на 180 градусов относительно друг друга. Программа нашла какие-то точечные выравнивания. Align выравнивает только последовательности между собой, не обращая внимания на вторичную структуру. Скорее всего, этот недостаток привел к такому результату. Super же использует для выравнивания не только последовательности, но и вторичные структуры, а также другие известные свойства структур. Поэтому визуально выравнивание выглядит хорошо. Относительно align, super выравнивание получилось значительно лучше по rmsd критерию. Хотя pair-fit дает хорошее выравнивания у него есть недостаток, что перед его применением надо знать хотя бы небольшой кусок точно выравненной последовательности.
Таким образом, из полученных результатов оптимальнее всего использовать для выравнивания команду super.
