Задание 3 (выполнено Борисовой Мариной)

Укоренение в среднюю точку



Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной бережливости?

Так как этот метод не предполагает молекулярных часов, а следовательно нет условия для укоренения.

Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA?

Так как этот метод подразумевает под собой это условие укоренения.

Наблюдения: укоренение произошло в (BRAJA, NEIMA, BURCA, RALPJ). Полученное дерево отличается от правильного тем, что видно, к кому ближе BRAJA. Ветви одинаковые.

Правильное дерево:



Использование аутгруппы



ИЛИ:



Появляется в этом методе ветка (PASMU,PROMH), в правильном же дереве (YERPS,PROMH).

Бутстрэп

После fseqboot был получен файл

файл от fconsense



 

Наблюдения: видим, что три ветки имеют поддержку отличную от 100.

	RALPJ	BURCA	NEIMA	PROMH	YERPS	VIBFM	PASMU	BRAJA
100	-	-	-	+	+	+	+	-
100	-	-	+	+	+	+	+	+
57,17	-	-	-	+	+	+	+	+
43.83	-	-	-	+	-	+	+	-
39.67	-	-	-	+	-	-	+	-
Sets NOT included in consensus tree:
40.83	-	-	-	+	+	-	-	-
37.67	-	-	-	+	+	-	+	-
32.33	-	-	+	+	+	+	+	-
17.50	-	-	-	+	+	+	-	-
13.50	-	-	-	-	-	+	+	-
10.50	-	-	+	-	-	-	-	+
6.00	-	-	-	-	+	+	-	-
1.00	-	-	-	+	-	+	-	-

Ветка (PROMH,YERPS)vs.(RALPJ,BURCA,NEIMA,VIBFM,PASMU,BRAJA) имеет поддержку достаточно высокую (40.83), а смотря на правильное дерево видим, что это верная ветка просто не получившая большинства. Эта ветка пояляется при введении аут группы.

Так же при постройке дерева не получила большиства ее одна ветка (PASMU,YERPS,PROMH)vs.(RALPJ,BURCA,NEIMA,VIBFM,BRAJA) - 37.67. И она также присутсвует в правильном дереве.

Построение другого дерева и малая поддержка правильных, возможно, говорит о близости этих белков.

---

ї 2010 Borisova Marina