Задание 2 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: ознакомиться с базой данных SRS.

I. Сравнение представления информации о белке P24183.

MRS: вся информация представлена в таблице, в которой хорошо видны переходы к следующему пункту. Понравилось, что в строке "From" написан не только организм, из которого изучаемый белок, но и "Taxon ID" с гиперссылкой. Особенно приятно пользоваться полем "Features" (FT). При наведении на каждую особенность во всей последовательности выделяется ее место.

SRS: хорошо выделены пункты и подпункты описания. Есть "TaxID". В информации о статьях множно не только узнать всю информацию о статье, но и скачать в удобном формате. Добавлена информация о том, как определили наличие белка. Приведена карта особенностей последовательности и дальше обычный список особенностей. Приведена последовательность, которую можно не только посмотреть, но и сохранить в удобном формате.

UniProt: также есть разделение каждого описания, как и в других БД. Можно не только посмотреть из какого организма белок, но и открыть сразу весь протеом. Область "особенности" интересна тем, что особенности можно выделить и использовать при сравнении в Blast, особенности вторичной структуры выводятся только при необходимости ("Details..."), а первоначально эту информацию пользователь получает из изображения с разметкой вторичной структуры. Саму последовательность можно сохранить в fasta-формате или перейти к сравнению с помощью Blast. Статьи, ссылки на другие БД и др. расположены в конце страницы.

II. Изучение поля "Taxonomy".

• Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
  • gambusia
  • gammacoronavirus
  • gammaherpesvirinae
  • gammalipothrixvirus
  • gammapapillomavirus
  • gammaproteobacteria
  • gammaretrovirus
  • gammaridea
• Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
  gammaproteobacteria.
• Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
  120825

III. Запросы в SRS (белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией Вашего белка).

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Formate dehydrogenase	([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria] & (([swissprot-Description:Formate] & [swissprot-Description:dehydrogenase]) | [swissprot-Description:Formate dehydrogenase]))	17
EC=1.2.1.2	([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:1.2.1.2])	4

IV. Сохранение найденных в запросе последовательностей в fasta-формате: по второму запросу.

ї 2010 Borisova Marina