Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~moshka/Term2/Practice1/UniProt.html
Дата изменения: Mon Nov 8 22:24:33 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 19:09:07 2012
Кодировка: Windows-1251
Task 2-1. DB UniProt

Задание 1 (выполнено Борисовой Мариной)

Задача: познакомиться с базой данных UniProt.

I. Получим из банка UniProt документ, содержащий информацию о FDNG_ECOLI (P24183).

II. Заполним следующую таблицу:

Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC P24183; P78261;
Идентификатор записи в БД ID FDNG_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE FDH-N subunit alpha
Дата создания документа DT 01-MAR-1992
Дата последнего исправления аннотации DT 05-OCT-2010
Число публикаций, использованных при создании документа RN 6
Журнал и год самой поздней публикации RL J. Biol. Chem. 282:8309-8316(2007)
Ключевые слова KW 3D-structure; 4Fe-4S; Complete proteome; Iron; Iron-sulfur; Metal-binding; Molybdenum; NAD; Oxidoreductase; Periplasm;Selenocysteine; Signal
Что содержит поле комментариев? CC

-!- ФУНКЦИЯ: благодаря формиат дегидрогеназе E.coli может использовать формиат, как основной элетронный донор во в анаэробных условиях, при использовании в качестве акцептора нитрата. Предположительно альфа субъединица является активным центром.
-!- КАТАЛИТИЧЕСКАЯ АКТИВНОСТЬ: Формиат + НАД(+) = CO(2) + НАДН.
-!- КОФАКТОР: связывает один ион молибдена на субъединицу.
-!- КОФАКТОР: связывает 2 группы динуклеотидгуанина молибдоптерина на субъединицу.
-!- КОФАКТОР: связывает 1 4Fe-4S кластер на субъединицу.
-!- СУБЪЕДИНИЦА: гетеротримерн, состоящий из альфа, бета и гаммы субъединицы.
-!- ВНУТРИКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ: периплазма.
-!- АКТИВАЦИЯ: нитратом в анаэробных условиях.
-!- PTM: экспортируется через Tat систему. Местонахождение сигнального пептида экспериментально обнаружено не было.
-!- СХОДСТВО: принадлежит к семейству прокариотических молибдоптерин содержащих оксидоредуктаз.

-----------------------------------------------------

Авторские права принадлежат UniProt Consortium, http://www.uniprot.org/terms
Распространитель Creative Commons Attribution-NoDerivs License
Идентификаторы записей PDB DR 1KQF; 1KQG

III. Ответы на вопрос из списка:

Какие неорганические вещества необходимы для индукции (приведения в активное состояние) и полноценного функционирования Вашего белка?

Для активации и полноценного функционирования моего белка необходим нитрат.

IV. Пользуясь поиском на сайте UniProt, определим, сколько записей в UniProt описывает белки примерно с тем же описанием (DE), что и заданный белок, результаты приведем в виде таблицы:

Запрос Число записей
в SwissProt		 Число записей
в TrEMBL
Formate dehydrogenase 333 7269
nitrate-inducible 12 183
EC=1.2.1.2 36 1671

V. Просмотрим список записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию вашего белка. Заполним следующую таблицу, в левую колонку (Белок 1) внеся сведения о вашем белке (P24183), а в правую (Белок 2) - о выбранном Вами белке (Q934F5).

Метка поля Белок 1 Белок 2
Первый код доступа AC
Идентификатор последовательности в БД ID
FDNG_ECOLI
FDHA_DESGI
Название (краткое описание) белка DE
FDH-N subunit alpha
FDH subunit alpha
Дата создания документа DT
01-MAR-1992
19-JUL-2004
Дата последнего исправления аннотации DT
05-OCT-2010
10-AUG-2010
Название организма OS
Escherichia coli (strain K12)
Desulfovibrio gigas
Классификация организма (список таксонов) OC
Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Desulfovibrionales; Desulfovibrionaceae; Desulfovibrio
Длина последовательности SQ
1015
1012
Молекулярная масса белка SQ
112963
113271
Число публикаций, использованных при создании документа RN
6
4
Журнал и год самой поздней публикации RL
Science 295:1863-1868(2002)
J. Biol. Inorg. Chem. 6:398-404(2001)
Описание вторичной структуры FT
есть: указаны бета-тяжи и альфа-спирали, и повороты.
есть: указаны бета-тяжи и альфа спирали, и повороты.
Ключевые слова KW
3D-structure; 4Fe-4S; Complete proteome; Iron; Iron-sulfur; Metal-binding; Molybdenum; NAD; Oxidoreductase; Periplasm;Selenocysteine; Signal
3D-structure; 4Fe-4S; Calcium; Disulfide bond; Electron transport; Iron; Iron-sulfur; Metal-binding; Molybdenum; NAD; Oxidoreductase; Periplasm; Selenocysteine; Signal; Transport; Tungsten
Темы, освещенные в комментариях CC
фукнции, каталитическая активность, кофакторы, локализация, активация, субъединицы, PTM, сходство, авторские права
функции, каталитическая активность, кофакторы, биохимические свойства, субъединицы, локализация, PTM, сходство, авторские права.
Особенности последовательности FT
в начале есть сигнальная последовательность, 5 гетероатомов, есть селеноцистеит, 3 конфликтных места.
в начале есть сигнальная последовательность, 5 гетероатомов, есть десульфид, есть селеноцистеин.
Идентификаторы записей PDB DR
1KQF; 1KQG
1H0H

Информация о белка в БД UniProt очень похожи (функционально и по структуре). Но у Белка 1 есть две записи, как в UniProt, так и в PDB. Белок один немного длинее и имеет на 2 публикации больше, и он был намного раньше (примерно на 10 лет) опубликован. А также эти белки принадлежат разным организмам.

    ї 2010 Borisova Marina