Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~miss_lazy/term4/prac7.html
Дата изменения: Tue Apr 19 16:26:32 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:29:04 2012
Кодировка: Windows-1251
База данных GO

Четвертый семестр

Трансферазная: катализ перемещения группы, e.g. метильной, гликозильной, ацильной,
фосфор-содержащей или другой группы из одного соединения (обычно называется донором) на другое (акцептор).
Трансферазы - общее название ферментов 2го класса.

Описание функции белка SACB_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Зачем P 1 Утилизация сахаров -
cерия процессов, составляющих механизм,
с помощью которого клетка или организм распознает отсутствие
основных источников сахаров (обычно глюкозы)
и затем активирует гены к утилизации остатков первичных ресурсов сахаров, и транспорту,
и обмену других углеводов.
Процесс утилизации начинается, когда клетка или организм обнаруживает уровни сахара. она включает в себя активацию генов, продукты которых выявляют, перемещают или участвуют в обмене сахаров,
и заканчивается, когда сахар начинает участвовать
в метаболизме клетки/ организма.
Молекулярный механизм F 3 Левансахаразная активность: катализ реакции:сахароза + 2,6-бета-D-фруктозил (n) = глюкоза + 2,6-бета-D-фруктозил (n+)
Где? C 1 Внеклеточный компонент - пространство снаружи от структуры клетки.
Если у клеток нет внешних защитных или капсульных структур, термин означает пространство снаружи от ЦПМ.
Термин может означать пространство клетки хозяина, не занятое внутриклеточным паразитом.
Специфичность? - - -

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0007587 Нет GO:0007587) Нет
GO:0050053
  • Бета-2,6-фруктан:D-глюкоза 1-фруктозилтрансферазная активность
  • Точно: Бета-2,6-фруктозилтрансферазная активность
  • Точно: Сахароза 6- фруктозилтрансферазная активность
  • Точно: Сахароза:2,6-бета-D-фруктан 6-beta-D- фруктозилтрансферазная активность
    GO:0003674, 386863
  • Левансахаразная активность is_a (inferred) каталитическая активность (GO:0003824) 150834
  • Левансахаразная активность is_a (inferred) трансферазная активность (GO:0016740) 42322
  • Левансахаразная активность is_a (inferred) трансферазная активность, перемещение гликозильных групп (GO:0016757) 5839
  • Левансахаразная активность is_a трансферазная активность, перемещение гексазильных групп(GO:0016758)
Нет
GO:0005576 Внеклеточная область is_a компонент клетки - GO:0005575
  • апопласт (GO:0048046) is_a внеклеточная область 351
  • часть внеклеточной области (GO:0044421) part_of внеклеточная область 6858


Pongo sp. - orangutan - Taxonomy ID: 9603

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Pongo sp. (по данным UniProt)

Количество в UniProt Количество в UniRef100
Существование белка доказано экспериментально 0
Известны только соответствующие транскрипты 0
Гипотетический белок, предсказан по гомологии 12 12
Иные предсказанные гипотетические белки 5 5

Синтез пиримидинов (pyrimidune biosynthesis): наиболее подходящая находка - GO:0019856.
В расширеном запросе к SRS в поле NCBI TAX Id - 9603, в DBName - GO, в DBxref - GO:0019856.Находок нет.

Исследование протеома Acaryochloris marina

Гистограмма встречаемости типов словарей


8172 белка у Acaryochloris marina. Термины GO найдены для 3745, что составляет 46%.
F- наиболее распространенный тип словаря. Встречается 5821 раз. Р- 3173, С - 1396.
Наиболее распространенные термины: Р: процесс биосинтеза жирных кислот, С: цитоплазма, F: связывание АТФ.

Лучшие находки GoStat - GO:0005886, GO:0016853 (плазматическая мембрана и изомеразная активность) - из онтологий клеточный компонент и молекулярная функция.
Преобладают белки, участвующие в первичном метаболизме и метаболизме макромолекул.
С заданным белком - UXAC_ECOLI - действительно ассоциированы изомеразная активность и некоторые катаболические процессы.