Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~mihasia/t3_files/otch13.doc Дата изменения: Tue Dec 20 19:39:59 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:49:27 2012 Кодировка: koi8-r

Практикум 13.
Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

1. Определите эволюционные расстояния по Джуксу - Кантору между
последовательностями полученного выравнивания с помощью программы ednadist,
разумным образом отвечая на вопросы (в частности, на вопрос
"Transition/transversion ratio" разумно ответить "1.0", поскольку в нашей
эволюционной модели транзиции и трансверсии не различались). Полученную
матрицу сохраните в протоколе.

A 0.0000 0.5148 1.0993 1.0218 1.5277 1.3416
B 0.5148 0.0000 1.0566 1.0625 1.6881 1.4638
C 1.0993 1.0566 0.0000 0.4593 1.7306 1.5277
D 1.0218 1.0625 0.4593 0.0000 1.7603 1.4338
E 1.5277 1.6881 1.7306 1.7603 0.0000 0.7037
F 1.3416 1.4638 1.5277 1.4338 0.7037 0.0000

2. Постройте филогенетические деревья четырьмя разными методами:

Исходное дерево:
+-------------------A
|
| +---E
| |
| +---------+
| | |
------+ | +---F
| |
| | +---C
| | |
+-----+ +---+
| | |
| | +---D
| |
+-----+
|
|
+-------B
1)UGPMA:

Скобочная формула:

(A_____0.00:11.58912,((B_____1.28:0.31442,(C_____1.37:0.15275,
D_____1.43:0.15275):0.16167):0.30668,(E_____1.26:0.21820,
F_____1.42:0.21820):0.40290):10.96802);


+---------------------------------------------------------A 0.00
!
! +-B 1.28
--5 +--3
! ! ! +C 1.37
! ! +--1
+------------------------------------------------------4 +D 1.43
!
! +E 1.26
+--2
+F 1.42



2) Neighbour-joining:

Скобочная формула:

(C:0.16009,D:0.14541,((A:0.73318,(E:0.18928,F:0.24712):0.39182):0.30918,
B:0.28869):0.18741);

+----C
!
--4----D
!
! +---------------------A
! +---------2
! ! ! +-----E
+-----3 +-----------1
! +-------F
!
+--------B

3) Maximum Likelihood:

Скобочная формула:

((F:0.33313,E:0.16114):0.60968,(B:0.35344,(D:0.13561,
C:0.19705):0.20387):0.45201,A:0.93678);

+-------------------F
+------------------------------------4
! +--------E
!
! +--------------------B
--3--------------------------1
! ! +-------D
! +-----------2
! +-----------C
!
+-------------------------------------------------------A

4)Parsimony:

Скобочная формула:

(((F,E),((D,C),B)),A);

+--F
+--------5
! +--E
+--4
! ! +--D
! ! +--3
--1 +-----2 +--C
! !
! +-----B
!
+--------------A




Табл. Cравнение топологии исходного филогенетического дерева модели и 4-х
вариантов его реконструкции
{E,F} Ѓ{A,B,C,D}
{C,D}Ѓ{A,B,E,F}
{B,C,D}Ѓ{A,E,F}


|Ветвь |Исходное |UPGMA |NJ |ML |Parsimony|
| |дерево | | | | |
| |модели | | | | |
|ABCDEF | | | | | |
|000011 |+ |+ |+ |+ |+ |
|001100 |+ |+ |+ |+ |+ |
|011100 |+ |+ |+ |+ |+ |


Судя по данной таблице, все четыре метода достаточно надёжны. Но среди них
вс же можно выделить «лидера». Дерево созданное с помощью метода UPGMA
наиболее правильное, к тому же оно ультраметрическое и укорененное. Все
узлы и ветви совпадают с исходным, указаны эволюционные расстояния. Также
метод Parsimony показал правильное строение дерева, но без указания
расстояний.