Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~mihasia/boot.html
Дата изменения: Tue Dec 20 16:03:27 2005
Дата индексирования: Mon Oct 1 22:52:30 2012
Кодировка: Windows-1251

Bootstrep На главную

Бутстреп- и Джекнайф-анализ выравнивания мутированных последовательностей

Данная работа проведена с использованием следующих программ:

segboot - создает бутстреп-реплки выравнивания
dnaml - создает скобочные формулы всех возможных мутированных деревьев
consense - завершает анализ построением дерева

Изображение дерева, полученного в результате бутстреп-анализа:

FEBCDA
..****                     100.00
..***.                     99.00
...**.                     98.00

Sets NOT included in consensus tree:

FEBCDA
...***                      1.00
..*.*.                      1.00
..**..                      1.00


                              +------D
                       +-98.0-|
                +-99.0-|      +------C
                |      |
         +100.0-|      +-------------B
         |      |
  +------|      +--------------------A
  |      |
  |      +---------------------------E
  |
  +----------------------------------F

Скобочная формула: (((((D:100.0,C:100.0):98.0,B:100.0):99.0,A:100.0):100.0,E:100.0):100.0,F:100.0);

Изображение дерева, полученного в результате Jacknife-анализа:

FEBCDA
..****                     100.00
..***.                     100.00
...**.                     98.00

Sets NOT included in consensus tree:

FEBCDA
..*.*.                      2.00




                              +------D
                       +-98.0-|
                +100.0-|      +------C
                |      |
         +100.0-|      +-------------B
         |      |
  +------|      +--------------------A
  |      |
  |      +---------------------------E
  |
  +----------------------------------F

Скобочная формула: (((((D:100.0,C:100.0):98.0,B:100.0):100.0,A:100.0):100.0,E:100.0):100.0,F:100.0);

Консенсусное дерево совпало по топологии с реальным деревом. Бутстреп-значения указаны выше. Сравнивая деревья, полученные двумя методами, можно заметить, что в бутстреп-анализе в дерево не включены 3 РАЗНЫЕ ветви. А в Jacknife-анализе - две одинаковые. Это вызвано тем, что при бутстреп-анализе колонки заменяются, и каждый раз получается новый вариант. А при Jacknife-анализе столбцы просто удаляются, и всегда получается один и тот же результат.