Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

Подготовка файла координат и файла топологии

• Создадим в файле из прогшлого занятия (box_38.gro) группу r_1, в которую входит одна молекула этана - файл 1.ndx.
  Для выделения одной молекулы этана надо ввести команду make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndxи и, затем, ri 1.
  
• Создадим .gro файл с одной молекулой этана в цетре ячейки - et.gro
  
• Переделаем файл et.top, изменив количество молекул этана с 38 до 1.
  

Методы контроля температуры

1. метод Берендсена
   
2. метод "Velocity rescale"
   
3. метод Нуза-Хувера
   
4. метод Андерсена
   
5. Метод стохастической молекулярной динамики
   

Визуальный анализ результатов молекулярной динамики

• Метод Берендсена
  Результат моделирования - файл et_be.pdb.
  Молекула этана вращается вокруг связи C-C и поворачивается вдоль вертикальной оси, постепенно убыстряясь.
  
• Метод "Velocity rescale"
  Результат моделирования - файл et_vr.pdb.
  Сначала молекула стоит на месте, слегка меняется длина С-С связи, водороды слегка поворачиваются вокруг С-С. Затем молекула, ускоряясь, начинает вращаться во всех направлениях.
  
• Метод Нуза-Хувера
  Результат моделирования - файл et_nh.pdb.
  Молекула стоит на месте , изменяется длина С-С связи и водороды слегка поворачиваются вокруг С-С оси.
  
• Метод Андерсена
  Результат моделирования - файл et_an.pdb.
  Меняетсся длина С-С и С-Н связей. Молекула не вращается
  
• Метод стохастической молекулярной динамики
  Результат моделирования - файл et_sd.pdb.
  Этан быстро вращается во всех направлениях при этом водороды вращаются вокруг С-С связи.
  

Графики изменения энергий и длин связей

Метод Берендсена
Метод "Velocity rescale"
Метод Нуза-Хувера
Метод Андерсена
Метод стохастической молекулярной динамики