Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~maxi_jazz/domen.html
Дата изменения: Wed Jun 2 13:29:05 2004
Дата индексирования: Tue Oct 2 00:42:45 2012
Кодировка: Windows-1251
Описание свойств FadR Ecoli в производных
базах данных
PROSITE PROSITE - это база данных, в которой хранятся биологически
значимые сайты, паттерны, профили.Ее работа основана на том,
что вначале выравниваются хорошо изученные семейства,
затем в выравнивании идет поиск функционально важных остатков,
среди которых выделяют 4-5 консервативных.На основе этих
консервативных остатков строится паттерн, который отправляется
в Swissprot.Если в этой базе данных находятся только правильные
белки, содержащие этот паттерн, то поиск заканчивается,
в противном случае паттерн увеличивается, чтобы исключить
случайные совпадения с этим паттерном...Наша задача состояла
в том, чтобы найти паттерны,встречающиеся в нашем белке.
PFAM PFAM - база данных, содержащая большую коллекцию множественных
выравниваний, доменов, семейств и профилей-НММ для них.
Работа основана на первоначальном множественном выравнивании
некоторого семейства, в дальнейшем для выравнивания строится
профиль-НММ.После этого в базе данных аминокислотных
последовательностей ищутсяновые члены данного семейства (группы).
Наша задача состояла в том, чтобы найти домены в нашем белке.
INTERPRO INTERPRO - сборная база данных, являющаяся объединением
большого числа других независимых баз данных.Наша задача
состояла в том, чтобы разобраться со структурой базы
данных, научиться работать с ней...