Занятие 12. Семейства доменов

Упражнение 1. Используя ресурсы БД Pfam опиcать доменную организацию заданного белка.

Доменная организация белка K6PF1_Ecoli

• Картинка со схематическим изображением доменной структуры K6PF1_Ecoli


На схеме домен выделен зеленым цветом. Остальная часть белка отмечена серым.

• Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре K6PF1_Ecoli (запись 1pfk в PDB).




Cоответствующие домену участки последовательности отмечены зеленым цветом, а остальная часть белка показана серым. Можно заметить лиганды, отмеченные разноцветными "шариками".

• Табличка с названием "Домены в последовательности K6PF1_Ecoli

  Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности K6PF1_Ecoli
  PF00365	PFK	Фосфофруктокиназа (Phosphofructokinase)	3-278

Описание N-концевого домена белка K6PF1_Ecoli

• Краткая характеристика домена PF00365

Ферментативный перенос фосфорил группы от молекулы АТФ - это важная реакция во многих биологических процессах. Один из ферментов, который использует эта реакция - фосфофруктокиназа (PFK), которая катализирует фосфорилирование фруктозы-6-фосфата в фруктозу-1,6 - бисфосфат, ключевую стадию в гликолизе.
Фосфофруктокиназа существует как в некоторых бактериях и млекопитающих (в которых каждый мономер обладает 2 аналогичными доменами), так и в октамерах дрожжей (если есть 4 альфа- (PFK1) и 4 бета-цепи (PFK2), которые как и мономеры млекопитающих обладают 2 аналогичными доменами).

• Табличка с названием "Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00365"

  Таксон		Количество белков с доменом PF00365
  Эукариоты	Растения	56
  	Грибы	40
  	Животные	116
  Бактерии		526
  Археи		8

• Краткие ответы на следующие вопросы:

• Сколько всего известно белков с доменами PF00365? 915
• Что бывает чаще: домен PF00365 — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в с6очетании с другими доменами? Найдено 694 последовательности, где этот домен один. Не найдено последовательностей, где данный домен встречается в сочетании с другими доменами.
• Известны ли случаи дупликации домена PF00365? Да, известны (109 последовательностей найдено).
• Известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00365? Нет, не известны.

Так же известна одна последовательность с тремя доменами PFK (белок Q2H4Z8_CHAGB).

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности K6PF1_Ecoli по данным БД InterPro

• Картинка с изображением всех подписей в моем белке.



• Табличка "Мотивы в белке K6PF1_Ecoli по данным БД InterPro"

  Название подписи	Положение в последовательности K6PF1_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
  PF00365	3-278	Pfam	Wellcome Trust Genome Campus	США, Кембридж
  PR00476	7-26;32-45;94-110;121-138;139-157;159-175;177-194;213-225;240-262	PRINTSPRINTS
  PTHR13697	118-302	PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships)	SRI International	США, Менло-парк
  SSF53784	2-305	SuperFamily	The Medical Research Council	Англия, Лондон
  PIRSF000532	2-305	PIRSF (Protein Information Resourse)	Georgetown University Medical Center (GUMC)	США, Вашингтон
  TIGR02482	4-301	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	США, Рокквилль (Мэрилэнд), La Jolla (Калифорния)
  PS00433	244-262	PROSITE pattern	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
  PD000707	113-177	ProDom	INRA and CNRS - Национальный институт аграрных исследований	Франция, Париж
  G3DSA:3.40.50.450	3-212	Gene3D	University College London	Великобритания, Лондон