Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~mashik/t4_html/Comments.html
Дата изменения: Sun May 28 12:24:57 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:39:27 2012
Кодировка: Windows-1251
Comments Предсказание топологии мембранного белка GLYCEROL UPTAKE FACILITATOR

Комментарии относительно определения границ трансмембранных сегментов с учетом гидрофильности/ гидрофобности аминокислотных остатков.


    1. Самый крайний N-концевой остаток 1-й петли - 15. Так как это F с высокой степенью гидрофобности. Далее идет уже сильно гидрофильный E. Очевидно, он уже не входит в трансмембранный участок.

    C-конец спирали не 34, а 32, т.к. 33-й остаток сильно гидрофильный (K).

    2. Второй участок. В качестве первого остатка целесообразно оставить 44-ый. За ним (ближе к C-концу) по близости нет сильно гидрофильных остатков, а перед ним стоит сильно гидрофильный E.

    На C-конце имеет смысл расширить участок с 62-го до 65-го остатка. Так как эти остатки, большей частью, гидрофобны (S, G, A). А вот 66-й уже значительно гидрофильнее этих остатков.

    3. Третий участок. Начинается с 86-го остатка (с N-конца от него расположен ряд сильно гидрофильных а.о. - D, K, R, K) и заканчивается 104-ым остатком (на C-конце которого расположен ряд гидрофильных а.о. - Y и других, а на N-конце - сплошная (!) последовательность пяти сильно гидрофобных а.о.).

    4. Четвертый участок. Начинается со 148-го остатка (с N-конца от него расположен сильно заряженный и, следоватлельно, гидрофильный глутамин - Q), а заканчивается 166-ым, как и было предсказано. Начиная со 167-го остатка идут гидрофильные а.о. - TDDGN...

    5. Пятый участок. Начинается со 178-го остатка, а заканчивается 195-ым, так как 196-й остаток - гидрофильный пролин, за которым следует L и снова гидрофильный треонин (T). По-видимому, именно 196-й остаток является последним остатком данного трансмембранного участка.

    6. Шестой участок. Начинается с 233-го остатка (без изменений, так как ближе к N-концу располагается ряд гидрофильных а.о., а с другой стороны - ряд гидрофобных), а заканчивается 250-ым остатком, так как 251 и последующие остатки, в основном, гидрофильны.


    ї Андреева Мария aka mashik, 2006