Укоренение в среднюю точку
УкорениМ дерево, построенное при выполнении задания 5 предыдущего занятия
методом neighbor-joining, в среднюю точку.
Воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP.
Нужное нам действие - укоренение в среднюю точку ("Midpoint root the tree").
Вот, что получилось:
Программа retree укоренила дерево по ветви {(BURCA, RALPJ), NEIMA}.
Сравним это дерево с правильным:
Как мы видим, деревья абсолютно одинаковые.
Использование аутгруппы
Реконструируйте программой fprotpars укорененное дерево отобранных
бактерий, используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании,
а в качестве аутгруппы - белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).
Добавим к файлу с невыровненными последовательностями белков протеобактерий последовательность белка из сенной палочки.
Затем построим выравнивание всех последовательностей, и результат подадим на вход программе fprotpars.
Полученное дерево обработаем программой retree, указав в качестве действия "select an Outgroup", а в качестве номера - тот, что
программа retree присвоит листу BACSU.
Проделав все это, получим:
Как мы видим, лист BACSU программа выделила отдельно, а
отсавшаяся часть дерева не изменилась.
Бутстрэп
Проведем бутстрэп-анализ филогении, используя программу fprotpars. Этапы работы:
- Создадим 100 бутстрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий
программой fseqboot.
- Создадим по полученным репликам деревья программой fprotpars
(для этого просто подадим выходной файл программы fseqboot на вход
программе fprotpars).
- Создадим из полученных деревьев единое дерево по принципу
"расширенного большинства" (extended majority rule tree).
Для этого файл с деревьями, выданный программой fprotpars,
подадим на вход программе fconsense.
Проделав все эти операции, получаем (result.fconsense):
+-------------ENO BRAJA
+-63.5-|
| | +------ENO RHIEC
+100.0-| +100.0-|
| | +------ENO AGRRK
+100.0-| |
| | +--------------------ENO RHOS4
+------| |
| | +---------------------------ENO NEIMA
| |
| +----------------------------------ENO BURCA
|
+-----------------------------------------ENO RALPJ
Если укоренить получившееся дерево по ветви {RHOS4}, то оно
получится абсолютно идентично всем предыдущим.
Замечу, что все ветви, за исключением одной (Rhizobiales), получили 100% "бутстрэп-поддержки" (процент деревьев, в которых встретилась данная ветвь).
Теперь отметим ветви, не получившие большинства:
в данном случае, это лишь одна ветвь {(BRAJA,(RHIEC,AGRRK)),RHOS4},
получившая 36.50% "бутстрэп-поддержки".
© Азнаурян 2008
marina-91@list.ru