Мотивы, паттерны и профили

Выберем фрагмент выравнивания небольшой длины из выравнивания, сделанного в предыдущем задании.

Рассмотрим выбранный фрагмент множественного выравнивания. Напишем три паттерна и проведем небольшое исследование: поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов.

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	LCQAYGKPLVSTSAN	18	нет
Сильный	L-C-[RQAE]-[VLAG]-[FAYV]-G-[GQK]-[AP]-[IL]-[VI]-S-T-S-[AC]-N	26	нет
Слабый	L-C-X(3)-G-X(4)-S-T-S-X-N	94	да

Теперь постараемся найти в последовательности белка RimN_Ecoli все мотивы, описанные в PROSITE, в том числе неспецифичные (часто встречающиеся). Составим следующую таблицу:

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
P45748	YRDC	Putative ribosome maturation factor rimN	профиль		специфична	1
PS00005	TpR и TgR	Protein kinase C phosphorylation site	паттерн		неспецифична	2
PS00001	NLSG	N-glycosylation site	паттерн		неспецифична	1
PS00008	GLppCR	N-myristoylation site	паттерн		неспецифична	1
PS00006	TvdE	Casein kinase II phosphorylation site	паттерн		неспецифична	1

---

© Азнаурян 2008 marina-91@list.ru