Задача - получить выравнивание вирусных белков, называемых "дельта-антигенами",
посредством программы muscle и посмотреть на него в GeneDoc.
Для начала получим файл с последовательностями дельта-антигенов в формате "fasta". Для этого воспользуемся SRS. Как известно, все дельта-антигены происходят из рода вирусов "Deltavirus" и имеют в описании слово "delta". Вводя в строку запроса "([swissprot-AllText:delta*] & [swissprot-AllText:deltavirus*])", получим 34 находки. Эти последовательности в fasta-формате представлены здесь). Импортируем файл в GeneDoc. И вот, что получилось:
Теперь построим множественное выравнивание посредством программы "muscle".Результаты выравнивания в fasta-фрмате здесь. Обратим внимание, что в fasta-формате эти последовательности ничем не отличаются от предыдущих, предложенных в первой ссылке! Теперь импортируем файл с выровненными воследовательностями Genedoc. И вот, что мы видим:
Делаем вывод - один и тот же файл в разных форматах выглядит по-разному, т.е., если в fasta-формате этот файл ничем не отличался от обычных последовательностей, предложенных в fasta-формате, то в GeneDoc'е мы видим разницу между выровненными последовательностями и невыровненными.
Теперь опробуем эту технологию на белке RimN_Ecoli и его гомологах.
Для этого, во-первых, отберем несколько гомологов данного белка. ( Постараемся выбрать не самых близких гомологов, чтобы работа была интереснее:) Итак, воспользовавших поисковой системой BLAST, я выбрала следующих гомологов: RimN_Metca, RimN_Alcbs, RimN_Psep1, RimN_Sacd2 и и конечно же RimN_Ecoli. Построим множественное выравнивание последовательностей этих белков, воспользуясь программой GeneDoc. И вот, что получилось:
Рассмотрим структуру получившегося выравнивания. Мы видим, что имеются несколько участков с повышенной долей консервативных участков, а именно участки:
1. 25-40;
2. 59-64;
3. 117-121;
4. 138-144;
Также в этом выравнивании присутствуют участки, где оно недостоверно,т.е. скорее всего не имеют биологического смысла. Это следующие участки: (координаты по строкам такие же, как и в консервативных участках
1. 66-87;
2. 158-170.
© Азнаурян 2008 marina-91@list.ru
Для начала получим файл с последовательностями дельта-антигенов в формате "fasta". Для этого воспользуемся SRS. Как известно, все дельта-антигены происходят из рода вирусов "Deltavirus" и имеют в описании слово "delta". Вводя в строку запроса "([swissprot-AllText:delta*] & [swissprot-AllText:deltavirus*])", получим 34 находки. Эти последовательности в fasta-формате представлены здесь). Импортируем файл в GeneDoc. И вот, что получилось:
Теперь построим множественное выравнивание посредством программы "muscle".Результаты выравнивания в fasta-фрмате здесь. Обратим внимание, что в fasta-формате эти последовательности ничем не отличаются от предыдущих, предложенных в первой ссылке! Теперь импортируем файл с выровненными воследовательностями Genedoc. И вот, что мы видим:
Делаем вывод - один и тот же файл в разных форматах выглядит по-разному, т.е., если в fasta-формате этот файл ничем не отличался от обычных последовательностей, предложенных в fasta-формате, то в GeneDoc'е мы видим разницу между выровненными последовательностями и невыровненными.
Теперь опробуем эту технологию на белке RimN_Ecoli и его гомологах.
Для этого, во-первых, отберем несколько гомологов данного белка. ( Постараемся выбрать не самых близких гомологов, чтобы работа была интереснее:) Итак, воспользовавших поисковой системой BLAST, я выбрала следующих гомологов: RimN_Metca, RimN_Alcbs, RimN_Psep1, RimN_Sacd2 и и конечно же RimN_Ecoli. Построим множественное выравнивание последовательностей этих белков, воспользуясь программой GeneDoc. И вот, что получилось:
Рассмотрим структуру получившегося выравнивания. Мы видим, что имеются несколько участков с повышенной долей консервативных участков, а именно участки:
1. 25-40;
2. 59-64;
3. 117-121;
4. 138-144;
Также в этом выравнивании присутствуют участки, где оно недостоверно,т.е. скорее всего не имеют биологического смысла. Это следующие участки: (координаты по строкам такие же, как и в консервативных участках
1. 66-87;
2. 158-170.
© Азнаурян 2008 marina-91@list.ru