Aznauryan's page

Работа с программой getorf пакета EMBOSS

С помощью программы getorf нужно получить набор трансляций всех открытых рамок последовательности D89965 длинной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода. Командная строка:
getorf -minsize 30 -find 1 -table 11
В результате получаем файл D89965.orf
Анализируя результат, получаем, что 5 открытая рамка соответствует CDS, рамка соответствующая записи Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL: 13-ая.
Поиск некодирующих последовательностей программой BLASTN

Имеем последовательности всех тРНК, проаннотированных в полном геноме E.coli K12. Задача - определить, сколько гомологов каждой из тРНК находит программа BLASTN в геноме родственной бактерии Pasteurella multocida.

Для этого:
- запустим программу blastn, указав в качестве последовательностей для поиска файл trna_ecoli.fasta, в качестве банка - отформатированный при выполнении задания 8 геном бактерии Pasteurella multocida. В результате получим файл trna.out.
- создадим колонку из названий входных последовательностей командой
```
grep ">" trna_ecoli.fasta
```
- создадим скрипт из команд, выдающих число находок для каждой последовательности (trna_linux.scr).
  В результате был получен файл (word.txt), содержащий количество находок.
  Таким же способом напишем второй скрипт (trna2_linux.scr) и получим его результат (word2.txt).
  Сравним результаты: (results.xls).
Поиск некодирующих последовательностей программой megablast

Проделаем ту же процедуру, что и в предыдущем задании, но вместо blastn используем прогамму megablast:

"megablast -d pm -i trna_ecoli.fasta -o megablast_trna.out -m 9"

В результате получим файл megablast_trna.out.
Теперь воспользуемся программой "discontigous" megablast:

"megablast -d pm -i trna_ecoli.fasta -o megablast_trna.out -m 9 -D 2 -t 18 -W 11 -N 1"

-D - тип выдачи;
-t - длина последовательности с учетом разрывов;
-W - длина слова;
-N - тип последовательности.
В итоге получен выходной файл megablast_trna2.out.
Результатом является файл results2.xls.

Анализ результатов

Рассмотрим последовательность leuV из tRNA E.coli. Как видно из результатов предыдущих заданий, программа BLASTN находит эту последовательность, а MEGABLAST - нет. Это произошло из-за того, что megablast, в отличие от blastn, ищет последовательности большей длины.
Сравним эту последовательность с гомологичной из родственной бактерии Pasteurella multocida ( AE006055).
Построим выравнивание этих двух последовыательностей программой needle ( здесь):

                  Length = 10811                   
                                                           
                 Score = 44.1 bits (22), Expect = 9e-06    
                 Identities = 56/66 (84%), Gaps = 1/66 (1%)
                 Strand = Plus / Plus                      



                 leuV               1 gcgaaggtggcggaattggtagacgcgctagcttcaggtgttagtgtcct     50
                                           |||||.|||||||||||||.|||||.|||.|||.|.||||||||.
                 AE006055           1 -----ggtggtggaattggtagacacgctatcttgagggggtagtgtcca     45

                 leuV              51 tacggacgtgggggttcaagtcccccccctcgcacca     87
                                      | ||||||||.|.||||||||                
                 AE006055          46 t-cggacgtgcgagttcaagt----------------     65

А здесь представлено выравнивание, сделанное программой BLASTN:

                leuV:      6    ggtggcggaattggtagacgcgctagcttcaggtgttagtgtccttacggacgtgggggt 65     
                                ||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||| | |||||||| | ||        
                AE006055:  3824 ggtggtggaattggtagacacgctatcttgagggggtagtgtccat-cggacgtgcgagt 3882   
                                                                                
                                                                                
                leuV:     66   tcaagt 71                                                           
                               ||||||                                                              
                AE006055: 3883 tcaagt 3888

Запись этого фрагмента в EMBL: AE004439, координаты: 234402.....234466.
Данный франмент в записи EMBL не проаннотирован.

Продолжение

`Продолжение`