Aznauryan's page

Поиск гипотетических гомологов белка RimN_Ecoli в разных БД

	Поиск по БД Swiss-Prot	Поиск по БД PDB	Поиск по БД "nr"
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку)
Идентификатор БД	RimN_Ecoli	1HRU	NP_417741.1
E-value	9e-108	6e-106	1e-106
Вес (в битах)	388	378	388
% идентичности	100%	98%	100%
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах? Если найдены, то укажите общее число и приведите один идентификатор (любой, но желательно Swiss-Prot ID)	нет	нет	нет
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний, Descriptions, с E-value < 1E-10)	119	4	972
2. "Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний (Descriptions)	131	5	2027
Идентификатор БД	SYFB_THIDA	1JCU	ZP_03152030
E-value	0.82	1e-09	0.97
Вес (в битах)	33.1	58.9	37.0
% идентичности	28%	25%	26%
% сходства	44%	44%	47%
Длина выравнивания	781	208	348
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.)	68-169 у RimN_Ecoli, 194-293 у SYFB_THIDA	3-108 у 1HRU, 9-181 у 1JCU	3-167 у NP_417741.1, 11-174 у ZP_03152030
% гэпов	7%	2%	8%

Подведем итоги:
Мне удалось найти белок RimN_Ecoli во всех трех БД. Различий между выравниваниями белка с самим собой нет.Так называемые "худшие" находки не совпадают, а самым хорошим среди них содержится в банке PDB. Хочу заметить, что банк PDB выдал значительно меньше находок, чем остальные банки. Объясняется это тем, что банк PDB содержит информацию лишь о тех белках, для которых известна 3D структура ( а их значительно меньше).

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Задача - для изучаемого белка RimN_Ecoli найти лучшего гомолога в организмах таксона, филогенетически как можно более далекого от E_coli.
Такой гомолог был найден в таксоне Homo sapiens. Его ID - YRDC_HUMAN, E-value - 2e-05, вес (в битах) - 45.1, % идентичности - 28%, % сходства - 44%, длина выравнивания - 279, координаты выравнивания - 8-159 для RimN_Ecoli и 68-209 для YRDC_HUMAN, % гэпов -8%.

Поиск белка по его фрагменту

	Поиск по фрагменту	Поиск по полной последовательности
АС лучшей находки	A9N9G8	A9N9G8
E-value	3e-11	5e-106
Вес (в битах)	65.1	382
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?	да, найдены: RIMN_COXBN, RIMN_COXBU	нет

Полная последовательность белка A9N9G8 представлена здесь.
Поиск по фрагменту и по полной последовательности белка имеют разную задачу. При поиске по фрагменту, мы пытаемся найти какому белку ( или белкам) принадлежит этот фрагмент. А при поиске по полной последовательности белка мы хотим найти гомологичные данному белки. Хочу заметить, что те белки, в которых был обнаружен искомый фрагмент, не обязательно будут близкими гомологами белку с полной последовательностью.
Найдем выравнивание белка A9N9G8 с изучаемым белком RimN_Ecoli.

        
        A9N9G8      7    SINDAVKCLRQGGVIAYPTEAVYGLGCDPFNHDAVAQLLTIKKRSIKKGFILIASEWKQV  66 

                         +I  A+  L +  VIAYPTEAV+G+GCDP +  AV +LL +K+R + KG ILIA+ ++Q+     

        RimN_Ecoli  9    AIAAAIDVLNEKRVIAYPTEAVFGVGCDPDSETAVMRLLELKQRPVDKGLILIAANYEQL  68 

                                                                                     

        A9N9G8      67   EPLTEPIDPKALAR--VFDTWPGPFTWTFPASKEAPHWITGQHSTIAIRVTAHPLAKLLC  124

                         +P  +      + R  +F  WPGP T+ FPA    P W+TG+  ++A+RVT HPL   LC     

        RimN_Ecoli  69   KPYIDDTMLTDVQRETIFSCWPGPVTFVFPAPATTPRWLTGRFDSLAVRVTDHPLVVALC  128

                                                                                     

        A9N9G8      125  QRFAGPLISSSANQEGEPPIRDVKILRLVFGNKIDKTLEGPLGPTHRPTPIRDAITGEIL  184

                         Q +  PL+S+SAN  G PP R V  +R  FG      + G  G    P+ IRDA+TGE+      

        RimN_Ecoli  129  QAYGKPLVSTSANLSGLPPCRTVDEVRAQFGAAF-PVVPGETGGRLNPSEIRDALTGELF  187

                                                                                     

        A9N9G8      185  R  185                                                           

                         R                                                                

        RimN_Ecoli  188  R  188

E-value = 3e-38, score = 157 бит, длина выравнивания 190, процент идентичности 44%, процент сходства 61%, процент нэпов 1%.
Синим выделен фрагмент, который я выравнивала с помощью GeneDoc ( см. Пробные выравнивание).
Мной было предложено похожее выравнивание, однако имеется одно различие: положение гэпа.:

Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, 
с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.

Сравним выравнивание, выданное BLASTP с:
а) с оптимальным глобальным выравниванием


        RimN_Ecoli         1 MNNNLQRDAIAAAIDVLNEERVIAYPTEAVFGVGCDPDSETAVMRLLELK     50 
                             |::..|  :|..|:..|.:..|||||||||:|:||||.:..||.:||.:|        
        RIMN_COXBR         1 MDDYTQ--SINDAVKCLRQGGVIAYPTEAVYGLGCDPFNHDAVAQLLTIK     48 
                                                                                       
        RimN_Ecoli        51 QRPVDKGLILIAANYEQLKPYIDDTMLTDVQRETIFSRWPGPVTFVFPAP    100 
                             :|.:.||.||||:.::|::|..:......:.|  :|..||||.|:.|||.        
        RIMN_COXBR        49 KRSIKKGFILIASEWKQVEPLTEPIDPKALAR--VFDTWPGPFTWTFPAS     96 
                                                                                       
        RimN_Ecoli       101 ATTPRWLTGRFDSLAVRVTDHPLVVALCQAYGKPLVSTSANLSGLPPCRT    150 
                             ...|.|:||:..::|:|||.|||...|||.:..||:|:|||..|.||.|.        
        RIMN_COXBR        97 KEAPHWITGQHSTIAIRVTAHPLAKLLCQRFAGPLISSSANQEGEPPIRD    146 
                                                                                       
        RimN_Ecoli       151 VDEVRAQFGAAF-PVVPGETGGRLNPSEIRDALTGELFRQG    190          
                             |..:|..||... ..:.|..|....|:.||||:|||:.|.                  
        RIMN_COXBR       147 VKILRLVFGNKIDKTLEGPLGPTHRPTPIRDAITGEILRL-    186

Сравнивая выравнивание, выданное BLAST, и выравнивание needle, можно отметить разную длину выравниваний: у Blast - 180, а у needle 191.
Также различия имеются в положении гепов. У BLAST'а: между позициями 165-166 по RimN_Ecoli и 81-82 по RimN_Coxbr, а у needle: между позициями 162-163 по RimN_Ecoli и 6-7, 80-81 по RimN_Coxbr.

б) с оптимальным локальным выравниванием

            
        
         RimN_Ecoli         9 AIAAAIDVLNEERVIAYPTEAVFGVGCDPDSETAVMRLLELKQRPVDKGL     58 
                              :|..|:..|.:..|||||||||:|:||||.:..||.:||.:|:|.:.||.        
         RIMN_COXBR         7 SINDAVKCLRQGGVIAYPTEAVYGLGCDPFNHDAVAQLLTIKKRSIKKGF     56 
                                                                                        
         RimN_Ecoli        59 ILIAANYEQLKPYIDDTMLTDVQRETIFSRWPGPVTFVFPAPATTPRWLT    108 
                              ||||:.::|::|..:......:.|  :|..||||.|:.|||....|.|:|        
         RIMN_COXBR        57 ILIASEWKQVEPLTEPIDPKALAR--VFDTWPGPFTWTFPASKEAPHWIT    104 
                                                                                        
         RimN_Ecoli       109 GRFDSLAVRVTDHPLVVALCQAYGKPLVSTSANLSGLPPCRTVDEVRAQF    158 
                              |:..::|:|||.|||...|||.:..||:|:|||..|.||.|.|..:|..|        
         RIMN_COXBR       105 GQHSTIAIRVTAHPLAKLLCQRFAGPLISSSANQEGEPPIRDVKILRLVF    154 
                                                                                        
         RimN_Ecoli       159 GAAF-PVVPGETGGRLNPSEIRDALTGELFR    188                    
                              |... ..:.|..|....|:.||||:|||:.|                           
         RIMN_COXBR       155 GNKIDKTLEGPLGPTHRPTPIRDAITGEILR    185

Данное выравнивание и выравнивание, составленное программой BLAST, имеют небольшие различия. Во-первых, это длина выравниваний: у BLAST 180, а у water 189. Во-вторых, это положение одного из гэпов с координатами 80-81 по RimN_Coxbr.
Все три выравнивания сделаны с одинаковыми штрафами за гэп: 11 - за открытие гэпа и 1 за его длину.

Программа BLASTP

`Программа BLASTP`