Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~marina_g/Term4/n2.needle Дата изменения: Tue Mar 11 22:10:28 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:08:29 2012 Кодировка:

########################################
# Program: needle
# Rundate: Tue 11 Mar 2008 23:16:11
# Commandline: needle
# [-asequence] AL590842.fasta
# [-bsequence] M34066.fasta
# [-outfile] n2.needle
# -gapopen 15
# -gapextend 5
# Align_format: srspair
# Report_file: n2.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1:
# 2: M34066
# Matrix: EDNAFULL
# Gap_penalty: 15.0
# Extend_penalty: 5.0
#
# Length: 1306
# Identity: 1055/1306 (80.8%)
# Similarity: 1055/1306 (80.8%)
# Gaps: 8/1306 ( 0.6%)
# Score: 4223.0
#
#
#=======================================

1 atgcaagtttctgttgaaaccactcaaggccttggccgccgtgtaacaat 50
|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
M34066 1 atgcaagtttcagttgaaaccactcaaggccttggccgccgtgtaacgat 50

51 tactgttgctgctgacagcattgagaaagcagtaaaaagtgaattagtta 100
||||.|.||||||||||||||.||||..||.||.|||||.||..|.||.|
M34066 51 tactatcgctgctgacagcatcgagaccgctgttaaaagcgagctggtca 100

101 aagccgctaaaaatgttcgtatcgacggtttccgcaaaggccatgtgccg 150
|.|..||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||||||.|.|||||.
M34066 101 acgttgcgaaaaaagtacgtattgacggcttccgcaaaggcaaagtgcca 150

151 atgaatatcgttgaacagcgttacggcgcctcagtacgtcaagatgtact 200
|||||||||||||..||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||.||
M34066 151 atgaatatcgttgctcagcgttatggcgcgtctgtacgccaggacgttct 200

201 gggtgatctgatgcaacgtaatttcgttgatgcgatcatcaaagaaaaaa 250
||||||.||||||...|||||.|||.||||.||.|||||.||||||||||
M34066 201 gggtgacctgatgagccgtaacttcattgacgccatcattaaagaaaaaa 250

251 tcaatccagctggcgcgccaaactacgtgcccggtgagtataagcagggt 300
|||||||.||||||||.||.|..||.||.||.||.||.||.||||.||||
M34066 251 tcaatccggctggcgcaccgacttatgttccgggcgaatacaagctgggt 300

301 gaagattttacttattctgtcgagttcgaagtgtatccagaagtggaact 350
|||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||
M34066 301 gaagacttcacttactctgtagagtttgaagtttatccggaagttgaact 350

351 gaaagatctggaaagcattgaagttgagaagccagttgttgaagttaacg 400
..|.|.|||||||...||.||||||||.||.||..|.||||||||.|.||
M34066 351 cgagggtctggaagcgatcgaagttgaaaaaccgatcgttgaagtgaccg 400

401 acgctgacgttgataccatgctggaaacactgcgtaagcaacaagctacc 450
|||||||||||||...|||||||||.||.||||||||.||.||.||.|||
M34066 401 acgctgacgttgacggcatgctggatactctgcgtaaacagcaggcgacc 450

451 tggaaagaaaccgacgctgcagcaacggctgaagaccgcgcgactctgga 500
||||||||||..||||..||.|.....||.||||||||||..||..|.||
M34066 451 tggaaagaaaaagacggcgctgttgaagcagaagaccgcgtaaccatcga 500

501 tttcaccggctctatcgatggtgaagaatttgaaggcggtaaagcgactg 550
.||||||||.|||.|.||.||.|||||.||.|||||||||||||||.|||
M34066 501 cttcaccggttctgtagacggcgaagagttcgaaggcggtaaagcgtctg 550

551 atttcgtgctggcaatggggcagggccgtatgatccctggtttcgaagaa 600
|||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.||.|||||.
M34066 551 atttcgtactggcgatgggccagggtcgtatgatcccgggctttgaagac 600

601 ggtgttatcggccacaaggccggtgaagaattcaccatcgacgtaaactt 650
|||.|.|..||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||.|.|||
M34066 601 ggtatcaaaggccacaaagctggcgaagagttcaccatcgacgtgacctt 650

651 cccagaagattaccacgcagaaaatctgaaaggtaaatcagctaaattcg 700
|||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||.||||.|||||||
M34066 651 cccggaagaataccacgcagaaaacctgaaaggtaaagcagcgaaattcg 700

701 ccatcgtgctgaagaaagttgaagttcgcgaactgccagaactgactgaa 750
|.|||...||||||||||||||||..||.||||||||.||||||||||.|
M34066 701 ctatcaacctgaagaaagttgaagagcgtgaactgccggaactgactgca 750

751 gaatttatcaaacgttttggtgttgctgatggttcattggcaggtctgcg 800
|||||.|||||||||||.||.||||..||||||||..|.|.|||||||||
M34066 751 gaattcatcaaacgtttcggcgttgaagatggttccgtagaaggtctgcg 800

801 tgctgaagtgcgtaaaaatatggaacgtgagctgaaaggcgcggtgcgta 850
.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||.| ||||..|.||||
M34066 801 cgctgaagtgcgtaaaaacatggagcgcgagctgaga-gcgccatccgta 849

851 accgtgttaa-aactcaggcaatcgacggcttggtcagcgctaacaatat 899
||||.||||| ..|||||||.|||||.||..||||.|..||||||.|.||
M34066 850 accgcgttaagttctcaggcgatcgaaggtctggtaaaagctaacgacat 899

900 cgacgttccaacggcactggttgatggcgaaattgatgttctgcgtcgtc 949
||||||.||..|.||.|||.|.||..|||||||.||.|||||||||||.|
M34066 900 cgacgtaccggctgcgctgatcgacagcgaaatcgacgttctgcgtcgcc 949

950 aggctgcacagcgttttggtggcaacgagaaacaagctgctgaactgcca 999
||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||...||||||||.
M34066 950 aggctgcacagcgtttcggtggcaacgaaaaacaagctctggaactgccg 999

1000 cgcgaactgttcgaagaacaagctaagcgccgtgtcgttgttggtctgct 1049
||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||
M34066 1000 cgcgaactgttcgaagaacaggctaaacgccgcgtagttgttggcctgct 1049

1050 gttgggcgaagtgatcagccagcatgagctgaaagcagatgaagatcgtg 1099
|.||||||||||.|||.||....|.|||||||||||.||.|||||.||.|
M34066 1050 gctgggcgaagttatccgcaccaacgagctgaaagctgacgaagagcgcg 1099

1100 ttaaggctctgatcgaagaaatggcatctgcttacgaagatccacaagaa 1149
|.||.|..|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||..|||||
M34066 1100 tgaaaggcctgatcgaagagatggcttctgcgtacgaagatccgaaagaa 1149

1150 gtgattgagttctacagcaagaataaagagctgatgaataatatgcgtaa 1199
||.||.||||||||||||||.||.|||||.||||||.|.||.|||||.||
M34066 1150 gttatcgagttctacagcaaaaacaaagaactgatggacaacatgcgcaa 1199

1200 tgttgctctggaagagcaggcagtggaaacgctgctggctaaagccaaag 1249
|||||||||||||||.|||||.||.|||.|..|.|||||.|||||.||||
M34066 1200 tgttgctctggaagaacaggctgttgaagctgtactggcgaaagcgaaag 1249

1250 taactgaaaaaccaacgactttcagtgagctgatgaatcagaccactgca 1299
|.|||||||||..|||.|||||||..|||||||||||.||| || .
M34066 1250 tgactgaaaaagaaaccactttcaacgagctgatgaaccag--ca----g 1293

1300 gcgtaa 1305
||||||
M34066 1294 gcgtaa 1299


#---------------------------------------
#---------------------------------------