Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

                                         No. of
                                        residues     %-tage
                                         ------      ------
Most favoured regions      [A,B,L]         1144       88.8%*  
Additional allowed regions [a,b,l,p]        140       10.9%          
Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      3        0.2%          
Disallowed regions         [XX]               1        0.1%*  
                                           ----      ------
Non-glycine and non-proline residues       1288      100.0%

End-residues (excl. Gly and Pro)              6

Glycine residues                            120
Proline residues                             73
                                           ----
Total number of residues                   1487                    

2. Сервис EDS
На сервере EDS зайдем на страницу структуры 1KQF.
191 остаток имеют высокий Z-score по RSR: 10 в цепи А (1% от общего числа), 35 в цепи В (12%), 146 в цепи С (68%).
Расммотрим остаток 286 цепи В - аспарагиновую кислоту:



Для данного остатка RSR (пространственный R-фактор) = 0,662; Z-score = 9,943958; коэффициент корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") = 0,309.
На картинке красным цветом изображена поверхность уровня 1.0 электронной плотности. Белым цветом изображена поверхность уровня 0.5 электронной плотности.
На изображении видно, что остаток плохо укладывается в электронную плотность уровня 0.5, еще хуже - в электронную плотность уровня 1.0. Из этого можно сделать вывод, что координаты атомов данного остатка определены неверно.

3. Программа PDB_REDO
Полностью оптимизированной структуры для записи PDB 1KQF нет, поэтому возьмем вместо нее запись 1OYG.
Рассмотрим таблицу R-values etc.:

	Для исходной структуры	Для оптимизированной структуры
R	0,1705	0,1386
R-free	0,1806	0,1604
σR-free	0,0019	0,0017
R-free Z-score	27,05	16,59

После полной оптимизации значения R-факторов уменьшилось, то есть структура улучшилась.

Рассмотрим таблицу WHAT_CHECK validation:

Показатель	Для исходной структуры	После полной оптимизации
1st generation packing quality¹	0,033	0,125
2nd generation packing quality¹	-1,431	-1.100
Ramachandran plot appearance¹	-1,378	-1,271
Chi-1/Chi-2 rotamer normality¹	0,882	1,543
Backbone conformation¹	-1,585	-1,511
Bond length RMS Z-score²	0,273	0,544
Bond angle RMS Z-score²	0,623	0,749
Total number of bumps³	16	24
Unsatisfied H-bond donors/acceptors³	12	10

¹ Higher is better (Увеличение параметра означает улучшение структуры)
² Should be lower than 1.000 (Значение параметра должно быть меньше единицы)
³ Fewer is better (Уменьшение параметра означает улучшение структуры)

Таким образом, после оптимизации улучшились все параметры, кроме количества шишек (слишком близких расстояний между атомами). Из этого можно сделать вывод, что качество структуры значительно улучшилось.

На главную