Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~maravilla/term5/electron.html
Дата изменения: Mon Nov 15 14:55:30 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:30:14 2012
Кодировка: Windows-1251
Электронная плотность
1. Работа с записью 2B5A банка PDB Для данной записи ( 2B5A.pdb ) был получен файл с электронной плотностью
( 2b5a.omap ). Глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, в то
время как такие же глутамины трех других цепей - по одной конформации. С помощью программы
PyMOL cоздадим изображение, на котором обе конформации глутамина 21 цепи C и поверхности
уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка:
Фиолетовым цветом отмечена поверхность электронной плотности уровня 1.0,
а белым - уровня 0.5.
Из изображения видно, что на атомамах CD и CG электронная плотность низкая, а на атомах
кислорода и азота - высокая.
Получим аналогичное изображение для того же остатка из цепи А:
Оранжевым цветом отмечена поверхность электронной плотности уровня 1.0,
а белым - уровня 0.5. В данном случае также между атомами CD и CG электронная
плотность низкая, а на атомах кислорода и азота - высокая.
2.Работа с записью 1KQF банка PDB C сайта EDS файл с электронной плотностью для
записи 1KQF банка PDB.
Затем для триптофана 769 цепи А создадим с помощью программы PyMOL изображение с двумя уровнями
электронной плотности:
Фиолетовым цветом отмечена поверхность электронной плотности уровня 1.0,
а белым - уровня 0.5.
