Алгоритмы реконструкции деревьев

Укоренение в среднюю точку

Возьмем дерево, построенное ранее с помощью алгоритма Neighbor-joining. При помощи программы retree получим укорененное дерево:
((BRAJA:0.31251,AGRRK:0.31251):0.14965,(NEIMA:0.4267,(PSEAE:0.35374, (VIBCH:0.21503,(YERPE:0.0,YERPS:0.0):0.21503):0.1387):0.07297):0.03544);

Дерево, построенное методом максимальной бережливости, укоренить нельзя, так как метод не предполагает существования молекулярных часов и не выдает длин ветвей.
Дерево, построенное методом UPGMA, не имеет смысл укоренять, поскольку UPGMA выдает уже укорененное дерево.

Использование аутгруппы

В качестве аутгруппы был взят фактор элонгации трансляции Tf сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU). Эта последовательность была выравнена с исследуемыми при помощи muscle (файл с выравниванием: тут ). Данное выравнивание подадим на вход программе fprotpars . Затем с помощью программы retree укореним дерево в аутгруппу.
Дерево, укорененное в аутгруппу:


Бутстрэп

Для бутстрэп-анализа филогении исследуемых последовательностей было проведено следующее:
1) созданы 100 бутстрэп-реплик выравнивания последовательностей программой fseqboot (выходной файл ts_out_boot.fseqboot );
2) по полученным репликам программой fprotpars созданы деревья (выходной файл: ts_out_boot.fprotpars );
3) из них создано единое дерево по принципу "расширенного большинства" при помощи программы fconsense (выходной файл: ts_out_boot.fconsense ).
Полученное дерево выглядит так:

                                      +------AGRRK 
                               +100.0-|            
                        +-99.0-|      +------BRAJA 
                        |      |                   
                 +100.0-|      +-------------NEIMA 
                 |      |                          
          +100.0-|      +--------------------PSEAE 
          |      |                                 
   +------|      +---------------------------VIBCH 
   |      |                                        
   |      +----------------------------------YERPE 
   |                                               
   +-----------------------------------------YERPS 
   

Ветви, не получившие большиснтва:
файл содержит только одну ветвь (BRAJA,AGRRK,PSEAE) против (YERPS,YERPE,VIBCH,NEIMA) с поддержкой 1.00.
Полученное дерево совпадает с правильным.