Состав записи 1kqf банка PDB

Заголовок структуры: OXIDOREDUCTASE (Оксидоредуктаза);

Название структуры: FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI (Фермент из класса оксидоредуктаз (формиатдегидрогеназа N из E.coli);

В строках SEQRES записи приведена последовательность аминокислотных остатков в полипептидных цепях белка. В моем случае белок состоит из трех цепей (A,B и C). Количество аминокислотных остатков в цепи А - 1015, в цепи В - 294, в цепи С - 217.

В строках HET перечислены лиганды, имеющиеся в структуре. В моем белке это ионы молибдена, селеноцистеин, гем, молибдоптерингуанозиндинуклеотид (MGD).

В строках HETNAM расшифровано трехбуквенное обозначение лигандов.

В строках FORMUL приведены брутто-формулы лигандов.

Итак, в документе представлены следующие цепи макромолекул:

Идентификатор цепи	Число остатков	Название молекулы	Комментарии
A	1015	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT
B	294	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT
C	217	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

ID	Название	Формула	Число копий	Комментарии
MO	MOLYBDENUM(VI) ION	Mo 6+	1	Ион молибдена
CSE	SELENOCYSTEINE	C3 H7 N O2 SE	6	селеноцистеин, производное цистеина
HOH	WATER	H2 O	1989	Вода, которая закристаллизовалась вместе с белком
SF4	IRON/SULFUR CLUSTER	5(FE4 S4)	8
CDL	DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL; BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL	C81 H156 O17 P2 2-	70

Изображения полипептидной цепи белка:

	Изображение одной полипептидной цепи белка (В) в остовной модели. Красным показаны альфа-спирали, желтым - бета-тяжи, синим - бета-повороты полипептидной цепи
	Изображение вторичной структуры всего белка. Розовым показаны альфа-спирали, желтым - бета-тяжи, синим - бета-повороты полипептидной цепи. Количество альфа-спиралей - 70, количество бета-тяжей - 87, количество бета-поворотов-163.

Как видно из рисунка, белок FDNH E.coli имеет структуру "альфа+бета".

Назад