Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~marusya_tula/dist.doc Дата изменения: Fri Dec 17 17:55:49 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:10:46 2012 Кодировка: koi8-r

Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными
последовательностями.

Истинные расстояния в моей модели: число точечных замен на 100
нуклеотидов.

|A |B |C |D |E |F |AAA |BBB |CCC |DDD |EEE | |A |0 |160 |220 |220 |220
|190 |100 |80 |200 |190 |110 | |B | |0 |220 |220 |220 |190 |100 |80 |200
|190 |110 | |C | | |0 |40 |60 |190 |120 |140 |20 |30 |110 | |D | | | |0 |60
|190 |120 |140 |20 |30 |110 | |E | | | | |0 |190 |120 |140 |40 |30 |110 |
|F | | | | | |0 |90 |110 |170 |160 |80 | |AAA | | | | | | |0 |20 |100 |90
|10 | |BBB | | | | | | | |0 |120 |110 |30 | |CCC | | | | | | | | |0 |10 |90
| |DDD | | | | | | | | | |0 |80 | |EEE | | | | | | | | | | |0 | |
С помощью программы distmat пакета EMBOSS, были построены матрица
попарного сходства, отражающая среднее число нуклеотидов на 100 позиций, и
матрица попарных расстояний, вычисленная по методу Джукса-Кантора.

Матрица попарного сходства: среднее число совпадающих нуклеотидов на
100 позиций.

|A |B |C |D |E |F |AAA |BBB |CCC |DDD |EEE | |A |0 |57,72 |67,34 |66,67
|64,23 |63,55 |44,85 |38,21 |63,55 |62,47 |46,88 | |B | |0 |66,53 |66,26
|65,72 |62,6 |44,99 |38,62 |63,55 |62,6 |47,43 | |C | | |0 |24,66 |30,76
|66,12 |52,71 |55,28 |12,47 |18,56 |49,73 | |D | | | |0 |33,47 |64,63
|53,52 |56,64 |14,5 |19,51 |51,36 | |E | | | | |0 |65,99 |50,95 |52,98
|22,9 |17,89 |48,92 | |F | | | | | |0 |44,31 |50,54 |62,74 |61,52 |40,92 |
|AAA | | | | | | |0 |12,87 |46,21 |42,82 |6,1 | |BBB | | | | | | | |0
|49,86 |47,56 |17,75 | |CCC | | | | | | | | |0 |6,91 |43,09 | |DDD | | | |
| | | | | |0 |39,84 | |EEE | | | | | | | | | | |0 | |
Матрица попарных расстояний, вычисленная по методу Джукса-Кантора.

|A |B |C |D |E |F |AAA |BBB |CCC |DDD |EEE | |A |0 |110,11 |171,15
|164,79 |145,54 |140,96 |68,35 |53,42 |140,96 |134,18 |73,58 | |B | |0
|163,58 |161,22 |156,71 |134,99 |68,69 |54,26 |140,96 |134,99 |75,04 | |C |
| |0 |29,9 |39,59 |160,07 |91 |100,21 |13,63 |21,33 |81,59 | |D | | | |0
|44,33 |148,42 |93,79 |105,55 |16,11 |22,6 |86,58 | |E | | | | |0 |158,93
|85,3 |91,92 |27,32 |20,43 |79,21 | |F | | | | | |0 |67,01 |84,04 |135,82
|128,71 |59,16 | |AAA | | | | | | |0 |14,12 |71,8 |63,46 |6,36 | |BBB | | |
| | | | |0 |81,99 |75,41 |20,26 | |CCC | | | | | | | | |0 |7,25 |64,09 |
|DDD | | | | | | | | | |0 |56,81 | |EEE | | | | | | | | | | |0 |
|


Для определения наиболее целесообразного метода построения
филогенетического дерева данных последовательностей были построены два
графика( Рис.1 и Рис.2), иллюстрирующих различия результатов, полученных
разными методами, между собой и их отличия от истинных расстояний.
[pic]
Рис.1 График зависимости расстояний между последовательностями от выбранной
пары последовательностей.

На Рис.1 изображен график зависимости расстояний между последовательностями
от выбранной пары последовательностей, построенный на основе истинных
расстояний, расстояний вычисленных по методу Джукса-Кантора и расстояний
вычисленных по методу попарного сходства. На графике видно, что
максимальные значения расстояний соответствуют истинным расстояниям. Ближе
всего к ним, расстояния, вычисленные по методу Джукса-Кантора. Наибольший
разброс значений наблюдается так же при использовании этого метода, график
не убывает равномерно, а имеет по ходу несколько точек максимума. Это
говорит о том, что эволюционное расстояние между некоторыми парами
последовательностей больше истинных. Это объясняется учетом обратных замен
при расчете эволюционных расстояний по методу Джукса-Кантора. Нетрудно
заметить также, что значения различаются в большей степени для наиболее
далеких последовательностей, в то время как для более близких они стремятся
друг к другу.


[pic]

Этот график отображает зависимость эволюционных расстояний, вычисленных по
методу Джукса-Кантира, и расстояний, оцененных с помощью значения ID,% от
истинных расстояний. Из графика так же видно, что расстояния, вычисленные
по методу Джукса-Кантора ближе к истинным расстояниям. Таким образом,
наиболее целесообразно использовать именно этот подход для моделирования
эволюции данного гена.