Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~magepie/projects/term2/baksheeva_pr6.html
Дата изменения: Mon May 18 18:10:30 2009 Дата индексирования: Tue Aug 18 06:53:33 2009 Кодировка: IBM-866 |
Поиск по БД Swiss-Prot | Поиск по БД PDB | Поиск по БД "nr" | |
1. Лучшая находка | |||
Идентификатор БД | P35340 | 1HYU | NP_286333.1 |
E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Вес (в битах) | 1068 | 1011 | 1069 |
% идентичности | 100% | 95% | |
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах? | Белков с таким же весом не обнаружено, зато есть еще 5 с нулевым E-value. ID самого близкого по весу (1011) - P19480 (AHPF_Salty) | 2 белка с нулевым E-value, из которых вес второго - 630 (1FL2 - AHPF_Ecoli) | 148 белков с нулевым E-value, из них два с весом 1068. Пример - YP_001461770.1 (AHPF_Ecoli) |
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний, Descriptions, с E-value < 1E-10) | 163 | 18 | 4999 |
2. "Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
Номер находки в списке описаний (Descriptions) | 433 | 91 | 9386 |
Идентификатор БД | A5E8G8 | 1ZMC (P09622) | YP_151868.1 (Q5PF36) |
E-value | 0.98 | 0.64 | 0.99 |
Вес (в битах) | 35 | 31.6 | 39.3 |
% идентичности | 50% | 42% | 25% |
% сходства | 64% | 60% | 44% |
Длина выравнивания | 34 | 40 | 160 |
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.) | 212-245 AHPF_Ecoli, 7-40 MNMG_Brasb | 214-251 AHPF_Ecoli, 8-47 DLDH_Human | 348-498 AHPF_Ecoli, 134-288 NORW_Salpa |
% гэпов | 0% | 5% | 8% |
Поиск по фрагменту | Поиск по полной последовательности |
|
АС лучшей находки | Q5HRY2 (AHPF_STAEQ) | Q5HRY2 (AHPF_STAEQ) |
E-value | 3e-15 | 0.0 |
Вес (в битах) | 78.7 | 1035 |
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах? |
Да, белок AHPF_STAES, тот же самый, но из другого штамма Staphylococcus epidermidis | 7 белков с нулевым E-value. Вес выравнивания с AHPF_Staes - 1034 |
Query 1 MLNADLKQQLQQLLELMEGDVEFVASLGSDDKSNELKELLNEMAEMSAHITITE-KSLK- 58 ML+ ++K QL+ LE + VE +A+L KS E+KELL E+AE+S +T E SL Sbjct 1 MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPV 60 Query 59 RTPSFSVNRPGEETGITFAGIPLGHEFNSLVLAILQVSGRAPKEKQSIIDQIKGLEGPFH 118 R PSF + PG G FAG PLGHEF SLVLA+L G KE QS+++QI+ ++G F Sbjct 61 RKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFE 120 Query 119 FETFVSLTCQKCPDVVQALNLMSVINPNITHTMIDGAVFREE--SENIMAVPAVFLDGQE 176 FET+ SL+C CPDVVQALNLMSV+NP I HT IDG F+ E N+M VPAVF++G+E Sbjct 121 FETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKE 180 Query 177 FGNGRMTVQDILTKL---GSTQDASEFNDKDPYDVLIVGGGPASGSAAIYTARKGLRTGI 233 FG GRMT+ +I+ K+ + A E N +D YDVLIVG GPA +AAIY+ARKG+RTG+ Sbjct 181 FGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGL 240 Query 234 VADRIGGQVNDTAGIENFITVKETTGSEFSSNLAEHIAQYDIDTMTGIRATNIEKTDSAI 293 + +R GGQ+ DT IEN+I+V +T G + + L H+ +YD+D + A+ + +A+ Sbjct 241 MGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKL--IPAAV 298 Query 294 -----RVTLENDAVLESKTVIISTGASWRKLNIPGEDRLINKGVAFCPHCDGPLFENKDV 348 ++ + AVL+++++I++TGA WR +N+PGED+ KGV +CPHCDGPLF+ K V Sbjct 299 EGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRV 358 Query 349 AVIGGGNSGVEAAIDLAGIVKHVTLFEYASELKADSVLQERLRSLPNVDIKTSAKTTEVI 408 AVIGGGNSGVEAAIDLAGIV+HVTL E+A E+KAD VLQ++LRSL NVDI +A+TTEV Sbjct 359 AVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVK 418 Query 409 GD-DYVTGISYEDMTTGESQVVNLDGIFVQIGLVPNTSWLQNAVELNERGEVMINRDNAT 467 GD V G+ Y D +G+ + L GIFVQIGL+PNT+WL+ AVE N GE++I+ T Sbjct 419 GDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCET 478 Query 468 NVPGIFAAGDVTDQKNKQIIISMGAGANAALNAFDYIIR 506 NV G+FAAGD T KQIII+ G GA A+L+AFDY+IR Sbjct 479 NVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIR 517
Query 2 IDGAVFREE-SE-NIMAVPAVF 21 IDG F+ E ++ N+M VPAVF Sbjct 154 IDGGTFQNEITDRNVMGVPAVF 175
Query 207 LNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERF--GGQILDTVDIENYISVPKT 264 +++ YDV+I+G+GPAG AA+Y++R + T LM ER GGQ+ +T D+ENY Sbjct 1 MSEEKIYDVIIIGAGPAGMTAAVYTSRANLST-LMIERGIPGGQMANTEDVENYPGFESI 59 Query 265 EGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGA 324 G +L+ + H ++ ++ A I ++G +++ A KAR++I+A GA Sbjct 60 LGPELSNKMFEHAKKFG-----AEYAYGDIKEVIDGKEYKVVKAGSKEYKARAVIIAAGA 114 Query 325 KWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLL 384 +++ + VPGE + +GV+YC CDG FKGK + V+GGG+S VE + L VT++ Sbjct 115 EYKKIGVPGEKELGGRGVSYCAVCDGAFFKGKELVVVGGGDSAVEEGVYLTRFASKVTIV 174 Query 385 EFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAG 444 +++A +LQ + + VD + N E+ + KV + D V+G+ + G Sbjct 175 HRRDKLRAQSILQARAFDNEKVDFLWNKTVKEIHEENGKVGNVTLVDTVTGEESEFKTDG 234 Query 445 IFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEG 504 +F+ IG+LP + E N G I + + ET V+G+FAAGD +QI+ ATG+G Sbjct 235 VFIYIGMLPLSKPFENLGITNEEGYIETNDRMETKVEGIFAAGDIREKSLRQIVTATGDG 294 Query 505 AKASLSAFDYL 515 + A+ S Y+ Sbjct 295 SIAAQSVQHYV 305- глобальное (1-521 AHPF_Ecoli, 1-316 TRXB_Bacsu, вес - 248)
10 20 30 40 50 AHPF_E MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKV : . ::. TRXB_B MSE-----------EKI--------------------------------- 60 70 80 90 100 AHPF_E TFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGH TRXB_B -------------------------------------------------- 110 120 130 140 150 AHPF_E PSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIK TRXB_B -------------------------------------------------- 160 170 180 190 200 AHPF_E HTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAE TRXB_B -------------------------------------------------- 210 220 230 240 AHPF_E KRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERF--GGQ :::.:.:.:::: ::.:..: . : :: :: ::: TRXB_B ------------YDVIIIGAGPAGMTAAVYTSRANLST-LMIERGIPGGQ 10 20 30 40 250 260 270 280 290 AHPF_E ILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAV . .: :.::: : .:. . : .. . : : . TRXB_B MANTEDVENYPGFESILGPELSNKMFEHAKKFGAEY-----AYGDIKEVI 50 60 70 80 300 310 320 330 340 AHPF_E EGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHC .: ... : :::..:.: ::... . :::: . .::.:: : TRXB_B DGKEYKVVKAGSKEYKARAVIIAAGAEYKKIGVPGEKELGGRGVSYCAVC 90 100 110 120 130 350 360 370 380 390 AHPF_E DGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQD :: :::: . :.:::.: :: . : ::.. ...: .:: TRXB_B DGAFFKGKELVVVGGGDSAVEEGVYLTRFASKVTIVHRRDKLRAQSILQA 140 150 160 170 180 400 410 420 430 440 AHPF_E KLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQ . . :: . : :. . :: . : :.:. . :.:. TRXB_B RAFDNEKVDFLWNKTVKEIHEENGKVGNVTLVDTVTGEESEFKTDGVFIY 190 200 210 220 230 450 460 470 480 490 AHPF_E IGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQII ::.:: . : : : : . . :: :.:.::::: .::. TRXB_B IGMLPLSKPFENLGITNEEGYIETNDRMETKVEGIFAAGDIREKSLRQIV 240 250 260 270 280 500 510 520 AHPF_E IATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA----- :::.:. :. : :. . TRXB_B TATGDGSIAAQSVQHYVEELQETLKTLK 290 300 310- локальное (207-515 AHPF_Ecoli, 1-305 TRXB_Bacеsu, вес - 478)
210 220 230 240 250 AHPF_E LNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERF--GGQILDTVD ... :::.:.:.:::: ::.:..: . : :: :: :::. .: : TRXB_B MSEEKIYDVIIIGAGPAGMTAAVYTSRANLST-LMIERGIPGGQMANTED 10 20 30 40 260 270 280 290 300 AHPF_E IENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQ .::: : .:. . : .. . : : ..: .. TRXB_B VENYPGFESILGPELSNKMFEHAKKFGAEY-----AYGDIKEVIDGKEYK 50 60 70 80 90 310 320 330 340 350 AHPF_E IETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFK . : :::..:.: ::... . :::: . .::.:: ::: :: TRXB_B VVKAGSKEYKARAVIIAAGAEYKKIGVPGEKELGGRGVSYCAVCDGAFFK 100 110 120 130 140 360 370 380 390 400 AHPF_E GKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLK :: . :.:::.: :: . : ::.. ...: .:: . . TRXB_B GKELVVVGGGDSAVEEGVYLTRFASKVTIVHRRDKLRAQSILQARAFDNE 150 160 170 180 190 410 420 430 440 450 AHPF_E NVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPN :: . : :. . :: . : :.:. . :.:. ::.:: TRXB_B KVDFLWNKTVKEIHEENGKVGNVTLVDTVTGEESEFKTDGVFIYIGMLPL 200 210 220 230 240 460 470 480 490 500 AHPF_E TNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEG . : : : : . . :: :.:.::::: .::. :::.: TRXB_B SKPFENLGITNEEGYIETNDRMETKVEGIFAAGDIREKSLRQIVTATGDG 250 260 270 280 290 510 AHPF_E AKASLSAFDYL . :. : :. TRXB_B SIAAQSVQHYV 300