I.Команды
1.Команда ls показывает содержимое рабочей директории.
2.Команда ls .. показывает содержимое наддиректории.
3.Команда cd .. перемещает вверх на одну директорию.
После какого-то количества выполнений этой команды, результат, выдаваемый командой ls перестает меняться. Это связано с тем, что выше директорий нет.
4.Команда pwd показывает полный путь к рабочей директории.
5.Команда more X, где Х - имя файла, показывает содержимое файла в виде текста.
more ahpf_ecoli.fasta - а.о. последовательность моего белка в формате fasta
more ahpf_ecoli.entret - содержимое файла белка из базы UniProt
more P и Tab, где P - первая буква названия файла, выдает название этого файла (при условии, что больше в директории нет файлов, чьи названия начинаются на эту букву)
При нажатии клавиши enter открывается следующая строчка файла. При нажатии пробела - следующий относительно крупный фрагмент файла.
6.Нажатие стрелок вниз и вверх позволяет переключаться между последними командами.
7.Команда history выводит список команд пользователя с первого входа на сервер.
II.Глобальные и локальные выравнивания
1.Полученные глобальные выравнивания AHPF_Ecoli и TRXB_Bacsu
- стандартные параметры (штраф за гэп - 10, штраф за протяженность гэпа - 0.5). Вес - 479.5 *
Иллюстрация
- заданные параметры (20 и 1 соответственно). Вес - 451 *
Иллюстрация
Как мы можем наблюдать, при увеличении штрафов за гэпы программа стремится уменьшить их количество и длину, добиваясь максимального веса выравнивания.
Так, при менее строгих параметрах позиции ?239 AHPF_Ecoli соответствует гэп в последовательности TRXB_Bacsu, а во втором случае его нет.
В качестве примера изменений: позиции ?240 AHPF_Ecoli в первом случае соответствует ?33 другой последовательности, а во втором - ?34.
2.Полученные локальные выравнивания
- стандартные параметры (10 и 0.5) *
Иллюстрация
- заданные параметры (20 и 1). *
Иллюстрация
- заданные параметры (5 и 0.25). *
Иллюстрация
Изменение параметров довольно сильно отражается на выравнивании (особенно при либеральных значениях штрафов - берется даже другой фрагмент, более длинный)
Примеры: позиции ?195 TRXB_Bacsu в первом случае соответствует ?405 AHPF_Ecoli, а в третьем напротив нее стоит гэп. Соответствие позиций в последовательностях AHPF_Ecoli и TRXB_Bacsu при стандартных параметрах ?38-?245, а при увеличенных - ?38-?244 (из-за уменьшения протяженности гэпа).
Судя по моим наблюдениям, при одних и тех же параметрах участки локального выравнивания полностью идентичны соответствующим фрагментам глобальных.
Посмотреть карту локального сходства
Совпадающие позиции обозначаются точками в координатах: х=?позиции в AHPF_Ecoli, у=?позиции в TRXB_Bacsu. Отрезки, расположенные параллельно, представляют собой разные варианты выравниваний.
Скачать список из 10 субоптимальных выравниваний
Программа Water выдает пользователю только одно из построенных локальных выравниваний - с самым большим весом. Чтобы увидеть остальные, нужна программа Matcher.
Второе выравнивание из предыдущего задания оказалось наиболее оптимальным из всех локальных: вес - 455. В остальных случаях цифра оказалась значительно более скромной (от 26 до 38 - что, впрочем, скорее связано с размерами). Приведу кое-какие результаты.
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: AHPF_ECOLI
# 2: TRXB_BACSU
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 15
# Identity: 7/15 (46.7%)
# Similarity: 11/15 (73.3%)
# Gaps: 0/15 ( 0.0%)
# Score: 38
#
#
#=======================================
360 370
AHPF_E VAVIGGGNSGVEAAI
: .:: : .:. ::.
TRXB_B VIIIGAGPAGMTAAV
10 20
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: AHPF_ECOLI
# 2: TRXB_BACSU
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 31
# Identity: 6/31 (19.4%)
# Similarity: 15/31 (48.4%)
# Gaps: 0/31 ( 0.0%)
# Score: 35
#
#
#=======================================
220 230 240
AHPF_E DVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGER
....:: : . .: : . .. :
TRXB_B ELVVVGGGDSAVEEGVYLTRFASKVTIVHRR
150 160 170
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: AHPF_ECOLI
# 2: TRXB_BACSU
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 23
# Identity: 6/23 (26.1%)
# Similarity: 10/23 (43.5%)
# Gaps: 0/23 ( 0.0%)
# Score: 32
#
#
#=======================================
310 320
AHPF_E GLHQIETASGAVLKARSIIVATG
:. :: : . ..: :
TRXB_B GVSYCAVCDGAFFKGKELVVVGG
140 150