Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

 
1.Для димера пуриновых репрессоров 1BDH я создала следующие изображения, иллюстрирующие зоны контакта внутри комплекса днк-белок:

а)поверхность контакта мономера белка (цепь A) с симметричным мономером (цепь D)



б) поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК 



в) поверхность контакта ДНК с димером белков. 



С помощью сервиса PROTORP я получила
площадь взаимодействия мономеров белка в квадратных ангстремах: 2512.55
Из них на долю неполярных взаимодействий приходится 37.5% поверхности.

Сервис CluD позволяет выделить гидрофобные
кластеры на поверхности взаимодействия мономеров. На этом изображении разными цветами на зеленом фоне отмечены 
гидрофобные кластеры размером не менее 10 атомов.



2.С помощью сервиса pDomains я определила доменную
структуру цепи A из записи 1FL2 ("мой" белок) и цепи A из записи 1BDH. В обоих случаях я взяла версию pdb, 
сверив выдачу сервиса с данными Pfam.

1) 1FL2_A 



белый - PF00070, красные - PF07992

2) 1BDH_A 



желтый - днк-связывающий домен PF00356, фиолетовый - PF00532