Классификация функций. Коды ферментов GO

INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY

Поисковая система SRS http://srs.ebi.ac.uk/

Задание 1. Значение кода фермента

Цифра кода	Расшифровка( на англ)	Расшифровка (на рус)
EC 2	Transferases Transferases are enzymes transferring a group, for example, the methyl group or a glycosyl group, from one compound (generally regarded as donor) to another compound (generally regarded as acceptor). The classification is based on the scheme 'donor:acceptor grouptransferase'. The Accepted names are normally formed as 'acceptor grouptransferase' or 'donor grouptransferase'. In many cases, the donor is a cofactor (coenzyme), carrying the group to be transferred. The aminotransferases constitute a special case	Трансферазы Трансферазы - это ферменты переносящие группу (например метильную или гликозильную) с одного компонента (донора) на другой (акцептор). Классификация основывается на схеме "донор:акцептор трансферазная групаа". Используемые имена формируются как "акцептор трансферазной группы" или "донор трансферазной группы".Во многих случаях донор - это кофактор, переносящий группу.
EC 2.7	Transferring phosphorus-containing groups This is a rather large group of enzymes comprising not only those transferring phosphate but also diphosphate, nucleotidyl residues and others. The most numerous section, that of phosphotransferases, is subdivided according to the acceptor group.	Перенос фосфорсодержащих групп Это довольно большой класс ферментов, включающий не только те, которые переносят фосфатную группу, но и те, что переносят дифосфатные группы, нуклеотидные остатки и др. Делятся на классы согласно акцепторным группам.
EC 2.7.1	Phosphotransferases with an Alcohol Group as Acceptor	Фосфотрансферазы, у которых акцепторная группа представлена спиртовой группой
EC 2.7.1.2	Glucokinase (ATP:D-glucose 6-phosphotransferase) A group of enzymes found in invertebrates and microorganisms that are highly specific for glucose.	Глюкокиназа (АТФзависимая D-глюкоза 6-фосфотрансфераза Группа ферментов,обнаруженная у беспозвоночных и микроорганизмов, высоко специфичная к глюкозе.

Задание 2.Сравнение последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

C помощью SRS в базе UniProt bcrfkcz фермент с заданным кодом в трех организмах: бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. Запрос выглядел следующим образом:

- All text - EC=2.7.1.2;

- Organism name - Human | Escherichia | Methanococcus

После такого запроса не было обнаружено ни 1 записи. Тогда методом задания организмов по очереди было установлено, что в Methanococcus фермента с таким кодом нет. Тогда был проведен поиск фермента с таким кодом по всему царству архей. Как оказалось,гена, кодирующего фермент с кодом EC 2.7.1.2 ни у одного секвенрованого организма архей не было найдено.

Из запроса в поле "Organism name" был убран организм Methanococcus. После нового запроса было обнаружено 10 находок. Из этих 10 были выбраны те, которые соответствовали виду Escherichia coli K-12 и человеку. Таким образом, осталось 2 подходящие для сравнения находки. 1)Таким образом с заданным кодом было обнаружено по 1 ферменту в организмах: бактерии Escherichia coli K-12 и человека.

Результаты исследования предоставлены в таблицы:



		Фермент 1 (E.coli, P0A6V8)	Фермент 2 (Homo sapiens, P35557)
	Идентификатор, название домена Pfam	Положение в последовательности	Положение в последовательности
Домен	Glucokinase (PF02685)	6-316
Домен	Hexokinaze_1 (PF02685)		10-217

Вывод: Домены, отвечающие за ферментативную активность не гомологичны.

<<Обратно на главную страницу

<<Обратно на четвертый семестр

---

©Мария Баранова,2008