Sculpting индуцирует связанные с объемом, торсионными углами и Ван-дер-Ваальсовыми силами конформационные изменения молекул, но не включает в себя минимизацию энергии или термодинамику. Ctrl+левый щелчок мыши позволяет изменять дляину связи между конкретными атомами, Ctrl+правый клик - вращать молекулу вокруг определенной связи.
Образованы водородные связи с кислородом аспарагиновой кислоты и азотом аспарагина. Мoжно заменить на неполярные гидрофобные остатки, например, на валин:
Средствами Tcl/Tk интерфейса Wizard->Mutagenesis выбираем аминокислотный остаток, который хотим промутировать -> No Mutation -> выбираем необходимый а.о. -> Apply -> Done.
Сохраняем полученную структуру 1lmp_mut .
