Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~lupus/Term4/task2.1.html
Дата изменения: Mon Apr 19 14:05:36 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:14:47 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Третий семестр |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PfamОписание доменной структуры белка по данным Pfam
выравнивание-затравка (seed) для N-концевого доменаздесьСравние описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД(БД SPRINT) (подпись интересна тем, что состоит из мотивов, а не из доменов, причем 4-й пересекает оба домена. Это связано,с тем, что эти два домена в множестве последовательностей консервативно связаны) Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белкаOrn_Arg_deC_N(Зеленый)PDB ID: 1knw; PDB CHAIN A; PDB residues 32-276 Orn_DAP_Arg_deC(Красный)PDB ID: 1knw; PDB CHAIN A; PDB residues 279-397 1-й домен полностью соответствует, второй скорее всего включает в себя спирали, и листы расположенные на C- конце, и не идентифицированные, как принадлежащие этому домену. Исследование эволюции отдельных доменов
PF02784 широко распространен среди Бактерий и Животных.
Распрастранен схоже с Orn_Arg_deC_N за исключением того, что меньше распространен у животных. в скольких разных белках Escherichia coli K12 встречаются домены, представленные в заданном белке
Примеры доменных перестроекDCDA_ECOLI домены Orn_Arg_deC_N и Orn_DAP_Arg_deC, наиболее часто встречающающееся сочетание этих доменов (2921 последовательность). B3SF67_TRIAD домен Orn_Arg_deC_N встречается в редких случаях (1 последовательность) на C-конце белка. A7A6V4_BIFAD домен Orn_Arg_deC_N может претерпевать разрыв (19 последовательностей). Q47510_ECOLX домен Orn_Arg_deC_N может находиться на N конце, а домен Orn_DAP_Arg_deC отсутствовать (6 последовательностей). Q92TG9_RHIME домен Orn_DAP_Arg_deC может находиться на C конце, а домен Orn_Arg_deC_N отсутствовать(272 последовательности). C1YAY0_9ACTO домен Orn_DAP_Arg_deC может находиться не на C конце (2 последовательности). B6HUY7_PENCW Orn_Arg_deC_N находится внутри Orn_DAP_Arg_deC: невозможно разделить (1 последовательность). Вывод: вероятно Orn_Arg_deC_N и Orn_DAP_Arg_deC близкие ортологи, это обясняет почему в большинстве случаев они встречаются вместе и Orn_Arg_deC_N на N конце, а Orn_DAP_Arg_deC на C конце. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|