В качестве исходного материала нам былb даны последовательности участков двух белков и пространственное наложение структур этих участков:

Разными цветами обозначены разные цепи, шариками - C-альфа-атомы, в рамку выделен участок отличающейся структуры.

Опираясь на эти данные, вручную было построено выравнивание этих последовательностей и раскрашено в программе Genedoc. Стоит отметить, что нумерация аминокислотных остатков в файле пространственного наложения (5_6.pdb) не совпадала с нумерацией аминокислот в файлах с аминокислотными последовательностями, а некоторые остатки, присутствовавшие в пространственной структуре, не обнаруживались в файлах с последовательностями (5.fasta, 6.fasta). С помощью визуализатора RasMol было установлено соответствие между пространственной структурой и последовательностью, в результате чего было построено следующее выравнивание:

На рисунке в рамку взят фрагмент выравнивания, соответствующий расхождению пространственных структур (см. выше). Очевидно, пространственное выравнивание не полностью соответствует выравниванию вручную, поскольку в последнем на участке пространственного расхождения обнаруживаются положительные замены и совпадения аминокислот. Это можно объяснить особенностями получения пространственных структур, а также большим влиянием несовпадающих, чем совпадающих, аминокислот на структуру.
Файл с выравниванием в формате .msf можно найти здесь.

Построим выравнивание тех же последовательностей с помощью программы needle пакета Emboss: needle.msf. Подробное описание того, как это делается, присутствует на этой странице: пройти по ссылке.
Применим стандартные параметры выравнивания (штраф за открытие гэпа - 10, за его продолжение - 0.5) и получи следующую картину: