Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lu.andreeva/paralogi.html
Дата изменения: Tue Mar 23 22:27:12 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 04:09:42 2012
Кодировка: Windows-1251
паралоги

Учебный сайт Люды Андреевой

Задание 4

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Для каждой из выбранных бактерий были найдены последовательности 16S рибосомальных РНК. Затем они выравнивались программой muscle, fdnadist строила матрицу расстояний, по которой дерево строилось fneighbor. Полученное неукорененное дерево представлено ниже:
 


    +---NEIMA
  +-2
  ! +---RALPJ
  !
  !      +HAEIN
  !  +---1
  !  !   +PASMU
  3--4
  !  ! +-VIBCH
  !  +-5
  !    +-YERPS
  !
  +--------BRAJA

Или ни картинке:

Построенное по нуклеотидным последовательностям дерево не отличается от построенных ранее (см. задания 1, 2 и 3) по белковым последовательностям и имеет те же нетривиальные ветви, что и правильное дерево.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Найдем в банке Swiss-Prot последовательность белка FTSH_ECOLI (seqret sw:ftsh_ecoli > ftsh_ecoli.fasta). По предоставленному файлу proteо.fasta (на диске P), содержащему записи банка UniProt, относящиеся к протеобактериям, были созданы индексные файлы программой formatdb, по которым blastp искал гомологи белка ftsh_ecoli (blastall -p blastp -d prot -i ftsh_ecoli.fasta -o gomologi.fasta -e 0,0001).
Среди находок были отбраны соответствующие выбранным мной бактериям, их последовательности выровнены программой muscle, после чего fprotpars было построено дерево:


Будем считать, что реконструкция дерева верна.
Ортологи - это белки из разных организмов, причем разделение их общего предка на линии, ведущей к ним, произошло в результате видообразования.
Примеры:
HSLU_HAEIN и HSLU_BRAJA, Q9KU86_VIBCH и Q9CNJ2_PASMU.
Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.
Примеры:
B2UIS9_RALPJ и B2UE66_RALPG, HSLU_YERPS и Q66F66_YERPS.

©Andreeva_2010