Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~lu.andreeva/zad10.html
Дата изменения: Tue Nov 30 16:54:12 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:52:37 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Поверхность контакта димера белка с ДНК:
Та же поверхность без неучаствующей во взаимодействии цепи:
Поверхность контакта спирали ДНК с димером белков:
Та же поверхность, на рисунке спираль ДНК в модели sticks:
Данный сервис позволяет узнать особенности взаимодействия двух цепей, записанных в pdb файле.
Поверхность контакта двух мономеров белка составляет 2548.21 A2, 43,41% поверхности
приходится на гидрофобные контакты.
С помощью этого сервиса были определены гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка объемом не менее 10 атомов.
Результат представлен в файле, в нем описаны атомы из гидрофобных кластеров.
Не знаю, почему программа, не смотря на ограничение в 10 атомов, выдала атомы кластеров размером
меньше 10 атомов. Они не учитывались при построении изображения в PyMol.
На рисунке показана поверхность контакта одного мономера с другим на фоне остовной модели мономера.
Поверхность контакта, относящаяся к атомам из кластеров, покрашена в различные цвета
(1jft_clud.pml):
Сервис предлагает различные варианты доменной организации белков.
Работаем с записью 1M33.pdb.
Все методы, кроме одного (NCBI), определили только 1 домен в данном белке - 1M33A1. Модель с
двумя доменами (NCBI), показалась мне совсем неправдоподобной:
Наиболее вероятно, белок состоит из одного домена 1M33A1 (3-258):
Работаем с цепью А записи 1jft.pdb.
Наиболее адекватный, на мой взгляд, метод CATH выделил следующие домены:
1JFTA1 (2-58) - красный
1JFTA2 (59-160, 291-322) - синий
1JFTA3 (161-290, 323-339) - желтый:
Как видно на рисунке, предсказанные домены вполне соответствуют структурным.