Поверхность контакта димера белка с ДНК:

Та же поверхность без неучаствующей во взаимодействии цепи:

Поверхность контакта спирали ДНК с димером белков:

Та же поверхность, на рисунке спираль ДНК в модели sticks:

PROTORP

Данный сервис позволяет узнать особенности взаимодействия двух цепей, записанных в pdb файле.
Поверхность контакта двух мономеров белка составляет 2548.21 A², 43,41% поверхности приходится на гидрофобные контакты.

CluD

С помощью этого сервиса были определены гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка объемом не менее 10 атомов.
Результат представлен в файле, в нем описаны атомы из гидрофобных кластеров.
Не знаю, почему программа, не смотря на ограничение в 10 атомов, выдала атомы кластеров размером меньше 10 атомов. Они не учитывались при построении изображения в PyMol.
На рисунке показана поверхность контакта одного мономера с другим на фоне остовной модели мономера. Поверхность контакта, относящаяся к атомам из кластеров, покрашена в различные цвета (1jft_clud.pml):

pDomains

Сервис предлагает различные варианты доменной организации белков.
Работаем с записью 1M33.pdb.
Все методы, кроме одного (NCBI), определили только 1 домен в данном белке - 1M33A1. Модель с двумя доменами (NCBI), показалась мне совсем неправдоподобной:

Наиболее вероятно, белок состоит из одного домена 1M33A1 (3-258):

Работаем с цепью А записи 1jft.pdb.
Наиболее адекватный, на мой взгляд, метод CATH выделил следующие домены:
1JFTA1 (2-58) - красный
1JFTA2 (59-160, 291-322) - синий
1JFTA3 (161-290, 323-339) - желтый: