качество структуры

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lu.andreeva/zad9.html
Дата изменения: Mon Nov 22 17:03:38 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:30:48 2012
Кодировка: Windows-1251

качество структуры

Учебный сайт Люды Андреевой

Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

Работаем с записью PDB 1M33.

PROCHECK

В БД PDBSum есть ссылка на программу PROCHECK. Программа выдает карту Рамачандрана для данной структуры:

В предпочитаемой области находится 92.2% остатков (202 из 256), не являющихся пролином или глицином. Это говорит о том, что модель структуры белка качественная, так как она удовлетворяет критерию >90%.

EDS

Сервер EDS-->Significant regions

В цепи А 3 остатка имеют большой Z-score по RSR: Asp115, Phe143, Leu 161.
Выберем Phe 143. У него:
RSR = 0.171
коэффициент корреляции для электронной плотности: 0.834
Z-score: 2.286885
На рисунке, созданном в PyMol, изображен остаток Phe143 с его электронной плотностью. Синим обозначена поверхность электронной плотности 1.5, белым - 0.5:

Из рисунка видно плохое качество структуры в данном остатке, т.к. электронная плотность вокруг атомов бензольного кольца крайне расплывчата и не охватывает на разных уровнях разные атомы (СЕ2 на 0.5 и СD1 на 1.5). Поэтому не удалось точно определить положение кольца, и авторы предложили 2 возможные структуры.

Сервер EDS-->PDB_REDO

R-values
	From PDB header	Calculated from data	After conservative optimisation	After full optimisation
R	0.1450	0.1613	0.1464	0.1443
R-free	0.1880	0.1919	0.1841	0.1801
?R-free		0.0037	0.0036	0.0035
R-free Z-score		-0.24	-3.00	-2.66

Характеристики оптимизированной структуры улучшились по всем показателям относительно вычисленных по первоначальной структуре.

WHAT_CHECK validation
Original PDB entry Conservatively optimised Fully optimised

1st generation packing quality¹ -0.021 -0.014 -0.015

2nd generation packing quality¹ -1.661 -1.534 -1.592

Ramachandran plot appearance¹ -0.808 -0.475 -0.522

Chi-1/Chi-2 rotamer normality¹ -0.167 -0.365 -0.477

Backbone conformation¹ 0.052 -0.063 -0.100

Bond length RMS Z-score² 0.902 0.855 0.828

Bond angle RMS Z-score² 0.969 0.878 0.862

Total number of bumps³ 24 20 17

Unsatisfied H-bond donors/acceptors³ 15 15 16

Full WHAT_CHECK reports Link Link Link

WHAT_CHECK validation
	Original PDB entry	Conservatively optimised	Fully optimised
1st generation packing quality¹	-0.021	-0.014	-0.015
2nd generation packing quality¹	-1.661	-1.534	-1.592
Ramachandran plot appearance¹	-0.808	-0.475	-0.522
Chi-1/Chi-2 rotamer normality¹	-0.167	-0.365	-0.477
Backbone conformation¹	0.052	-0.063	-0.100
Bond length RMS Z-score²	0.902	0.855	0.828
Bond angle RMS Z-score²	0.969	0.878	0.862
Total number of bumps³	24	20	17
Unsatisfied H-bond donors/acceptors³	15	15	16
Full WHAT_CHECK reports	Link	Link	Link

¹ Чем выше, тем лучше
² Меньше 1.000
³ Чем меньше, тем лучше

У оптимизированной структуры улучшились все показатели, за исключением Chi-1/Chi-2 rotamer normality, Backbone conformation (конформация остова), Unsatisfied H-bond donors/acceptors (нереализованные доноры\акцепторы в водородной связи).