Характеристики PDB-файла

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lu.andreeva/zad7.html
Дата изменения: Tue Oct 19 23:03:57 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:30:45 2012
Кодировка: Windows-1251

Учебный сайт Люды Андреевой

Характеристики PDB-файла; биологические единицы

Работаем с файлом pdb 1M33.pdb.

Разрешение: 1.70 A
Число рефлексов: 27141
Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного): 93.8%
R-фактор: 0.147
Свободный R-фактор: 0.188
Количество рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора: 1422
Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора: 5.2%
Кристаллографическая группа и тип симметрии: P 43
Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки): 75.210 75.210 49.256
Базисные периоды ортогональны
Абсолютная система координат совпадает с депонируемой
По данным записи PDB биологическая единица совпадает с ассимметрической единицей, записанной в файле
В структуре есть атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1: CA 3 аспарагина А цепи А (0.5), CA 3 аспарагина B цепи А (0.5)

Вычисление относительных координат одного из СA-атомов 1M33.pdb Матрица и вектор преобразования:

SCALE1      0.013296  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.013296  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.020302        0.00000

Возьмем СА атом:
ATOM 18 CA ILE A 4 27.145 12.731 29.382 1.00 20.07 C
Чтобы получить относительные координаты, умножим координаты атома на матрицу и прибавим вектор:
0.3609 0.1693 0.5965

Исследование биологической единицы записи 1JFT Файлы с записями биологической и асимметрической единиц 1JFT (PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PURF OPERATOR COMPLEX, комплекс пуринового репрессора с мутантным PURF-оператором) взят с сервера PDBe.

Асимметрическая единица:

Биологическая единица:

Очевидно, по асимметрической единице не возможно установить ее взаимодействие со второй цепью ДНК и другими субъединицами белка.