Эволюционная модель

   Для построения эволюционной модели был взят ген белка FHUA_ECOLI, затем в него были внесены мутации так, чтобы получившиеся последовательности можно было соотнести с узлами и листьями заданного филогенетического дерева, а последовательность белка FHUA_ECOLI — с корнем.
   Изображение заданного дерева, на котором расстояния указаны как число мутаций на 100 пар нуклеотидов.

   Длина гена белка FHUA_ECOLI равна 2244 нуклеотида.

   Был проведен анализ филогенетического дерева, результаты приведены в отчете.

   Затем с помощью программы msbar были внесены мутации в белок FHUA_ECOLI, их количество было определено в соответствии с деревом с учетом длины гена.

   Ниже представлен полный текст скрипта:

msbar root.fasta leafF.fasta -point 4 -count 2244 -auto msbar root.fasta node1.fasta -point 4 -count 561 -auto msbar node1.fasta node2.fasta -point 4 -count 561 -auto msbar node2.fasta node3.fasta -point 4 -count 561 -auto msbar node3.fasta node4.fasta -point 4 -count 157 -auto msbar node4.fasta leafA.fasta -point 4 -count 404 -auto msbar node4.fasta leafB.fasta -point 4 -count 404 -auto msbar node3.fasta leafC.fasta -point 4 -count 561 -auto msbar node2.fasta leafD.fasta -point 4 -count 1122 -auto msbar node1.fasta leafE.fasta -point 4 -count 1683 -auto

   Комментарии к скрипту:
   Последовательность root соответствует корню дерева (белку FHUA_ECOLI); последовательности node1, node2, node3, node4 — узлам 1, 2, 3, 4 дерева; последовательности leafA, leafB, leafC, leafD, leafE, leafF — листьям A, B, C, D, E, F дерева.
   "-point 4" означает, что в качестве изменений нуклеотидной последовательности присутствуют только замены;
   "-auto" означает, что параметры для мутаций по блокам и по кодонам будут взяты по умолчанию (не будут производиться).

На главную страницу третьего семестра